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万見
- PDB-1qmh: Crystal structure of RNA 3'-terminal phosphate cyclase, an ubiqui... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qmh
タイトルCrystal structure of RNA 3'-terminal phosphate cyclase, an ubiquitous enzyme with unusual topology
要素RNA 3'-TERMINAL PHOSPHATE CYCLASE
キーワードLIGASE / 2'3'CYCLIC PHOSPHATE RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA 3'-terminal-phosphate cyclase (ATP) / RNA-3'-phosphate cyclase activity / RNA processing / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA 3'-terminal phosphate cyclase type 1 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like, conserved site / RNA 3'-terminal phosphate cyclase signature. / RNA 3'-terminal phosphate cyclase / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain superfamily / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain superfamily ...RNA 3'-terminal phosphate cyclase type 1 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like, conserved site / RNA 3'-terminal phosphate cyclase signature. / RNA 3'-terminal phosphate cyclase / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain superfamily / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain superfamily / RNA 3'-terminal phosphate cyclase / RNA 3'-terminal phosphate cyclase (RTC), insert domain / Alpha-beta prism / UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / 1-HYDROXYSULFANYL-4-MERCAPTO-BUTANE-2,3-DIOL / RNA 3'-terminal phosphate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Palm, G.J. / Billy, E. / Filipowicz, W. / Wlodawer, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2000
タイトル: Crystal Structure of RNA 3'-Terminal Phosphate Cyclase, a Ubiquitous Enzyme with Unusual Topology
著者: Palm, G.J. / Billy, E. / Filipowicz, W. / Wlodawer, A.
履歴
登録1999年9月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月17日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA 3'-TERMINAL PHOSPHATE CYCLASE
B: RNA 3'-TERMINAL PHOSPHATE CYCLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5835
ポリマ－74,0282
非ポリマー5543
水7,638424
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint-10.8 kcal/mol
Surface area26450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.800, 133.500, 51.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.515842, -0.671843, -0.531539), (-0.689428, -0.042742, 0.723092), (-0.508523, 0.739459, -0.44114)
ベクター: 148.35341, 113.33745, -10.30362)

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要素

#1: タンパク質 RNA 3'-TERMINAL PHOSPHATE CYCLASE / RNA CYCLASE / RNA-3'-PHOSPHATE CYCLASE


分子量: 37014.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: RTCA / プラスミド: PET-11D_ECOLI CYCLASE / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): RTCA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P46849, RNA 3'-terminal-phosphate cyclase (ATP)
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-DTO / 1-HYDROXYSULFANYL-4-MERCAPTO-BUTANE-2,3-DIOL


分子量: 170.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細C-TERMINAL HIS TAG ADDED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化pH: 5.5
詳細: THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 13-15% MPEG 2000, 200 MM NA-CITRATE PH 4.0, 200 MM TRIS/HCL PH 8.0, 2 MM DTT. PROTEIN CONCENTRATION WAS CA. 15 MG/ML.
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
213-15 %mPEG20001reservoir
3200 mMNa citrate1reservoir
4200 mMTris-HCl1reservoir
52 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.96456
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96456 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 50057 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Rsym value: 0.268 / % possible all: 83.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 159690 / Rmerge(I) obs: 0.043
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.4 % / Rmerge(I) obs: 0.268

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QMI, CHAIN A

1qmi


解像度: 2.1→10 Å / SU B: 5.47 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.215
詳細: REFINEMENT WAS STARTED WITH XPLOR 3.1, THE HIS TAG OF CHAINS A AND B WERE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY. THE ELECTRON DENSITY AROUND RESIDUES 94 TO 97 COULD NOT BE MODELLED WITH STANDARD BACKBONE GEOMETRY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 2286 5 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.207 48203 93.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4971 0 35 424 5430
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0220.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0460.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0560.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.62
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.83
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it32
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.63
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.029
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1850.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1960.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2610.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1710.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.37
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor17.515
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor21.120
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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