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- PDB-1qiv: CALMODULIN COMPLEXED WITH N-(3,3,-DIPHENYLPROPYL)-N'-[1-R-(3,4-BI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qiv
タイトルCALMODULIN COMPLEXED WITH N-(3,3,-DIPHENYLPROPYL)-N'-[1-R-(3,4-BIS-BUTOXYPHENYL)-ETHYL]-PROPYLENEDIAMINE (DPD), 1:2 COMPLEX
要素CALMODULIN
キーワードCALCIUM-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of store-operated calcium channel activity / : / : / regulation of response to tumor cell / positive regulation of autophagic cell death / DAPK1-calmodulin complex / : / : / : / : ...regulation of store-operated calcium channel activity / : / : / regulation of response to tumor cell / positive regulation of autophagic cell death / DAPK1-calmodulin complex / : / : / : / : / : / establishment of protein localization to mitochondrial membrane / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / establishment of protein localization to membrane / positive regulation of DNA binding / negative regulation of high voltage-gated calcium channel activity / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / organelle localization by membrane tethering / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / autophagosome membrane docking / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / regulation of cardiac muscle cell action potential / nitric-oxide synthase binding / regulation of synaptic vesicle exocytosis / adenylate cyclase binding / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / protein phosphatase activator activity / catalytic complex / detection of calcium ion / regulation of synaptic vesicle endocytosis / regulation of cardiac muscle contraction / activation of adenylate cyclase activity / phosphatidylinositol 3-kinase binding / calcium channel inhibitor activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / enzyme regulator activity / titin binding / regulation of calcium-mediated signaling / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / calcium channel complex / regulation of heart rate / response to amphetamine / adenylate cyclase activator activity / sarcomere / nitric-oxide synthase regulator activity / regulation of cytokinesis / spindle microtubule / calcium channel regulator activity / calcium-mediated signaling / response to calcium ion / G2/M transition of mitotic cell cycle / spindle pole / disordered domain specific binding / calcium-dependent protein binding / myelin sheath / protein autophosphorylation / growth cone / vesicle / transmembrane transporter binding / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / protein domain specific binding / calcium ion binding / centrosome / protein kinase binding / protein-containing complex / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DPD / Calmodulin-1 / Calmodulin
類似検索 - 構成要素
生物種BOS TAURUS (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Harmat, V. / Bocskei, Z.S. / Vertessy, B.G. / Naray-Szabo, G. / Ovadi, J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: A New Potent Calmodulin Antagonist with Arylalkylamine Structure: Crystallographic, Spectroscopic and Functional Studies
著者: Harmat, V. / Bocskei, Z.S. / Naray-Szabo, G. / Bata, I. / Csutor, A.S. / Hermecz, I. / Aranyi, P. / Szabo, B. / Liliom, K. / Vertessy, B.G. / Ovadi, J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Simultaneous Binding of Drugs with Different Chemical Structures to Ca 2+ Calmodulin: Crystallographic and Spectroscopic Studies
著者: Vertessy, B.G. / Harmat, V. / Bocskei, Z.S. / Naray-Szabo, G. / Orosz, F. / Ovadi, J.
#2: ジャーナル: Proteins: Struct.,Funct., Genet. / 年: 1997
タイトル: Crystallization and Preliminary Diffraction Analysis of Ca(2+)-Calmodulin-Drug and Apocalmodulin-Drug Complexes.
著者: Vertessy, B.G. / Bocskei, Z.S. / Harmath, V. / Naray-Szabo, G. / Ovadi, J.
#3: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1994
タイトル: Trifluoperazine-Induced Conformational Change in Ca (2+)-Calmodulin
著者: Vandonselaar, M. / Hickie, R.A. / Quail, J.W. / Delbaere, L.T.J.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Drug Binding by Calmodulin: Crystal Structure of a Calmodulin-Trifluoperazine Complex
著者: Cook, W.J. / Walter, L.J. / Walter, M.R.
履歴
登録1999年6月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CALMODULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9157
ポリマ－16,7211
非ポリマー1,1946
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)40.125, 40.125, 173.814
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 CALMODULIN


分子量: 16721.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 器官: BRAIN / 参照: UniProt: P02593, UniProt: P62157*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-DPD / N-(3,3,-DIPHENYLPROPYL)-N'-[1-R-(2 3,4-BIS-BUTOXYPHENYL)-ETHYL]-PROPYLENEDIAMINE


分子量: 516.757 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H48N2O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY HANGING DROP TECHNIQUE AT ROOM TEMPERATURE FROM 50 MM PH=5.0 SODIUM CACODYLATE/HCL BUFFER, 10 MM MGCL2, 10 MM CACL2, 2MM DPD AND 28% PEG 8000. CRYSTAL GROWTH TOOK 2-3 WEEKS., pH 5.00
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
21 mMHEPES1drop
35 mM1dropCaCl2
42 mMAAA1drop
550 mMsodium cacodylate1reservoir
610 mM1reservoirCaCl2
710 mM1reservoirMgCl2
825-30 %(w/v)PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月15日 / 詳細: NORMAL FOCUS
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→24.58 Å / Num. obs: 4969 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 2.63→2.72 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Mean I/σ(I) obs: 9 / % possible all: 76.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 107694

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LIN

1lin


解像度: 2.64→24.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: DISORDERED SIDE CHAIN ATOMS OF RESIDUES ARG 74 - THR 79 AND SER 81 OF THE CENTRAL REGION, GLU 6, GLU 83, TRIMETHYL-LYSINE 115, GLU 123 AND GLU 127 ARE NOT SEEN IN THE CRYSTAL STRUCTURE, AS ...詳細: DISORDERED SIDE CHAIN ATOMS OF RESIDUES ARG 74 - THR 79 AND SER 81 OF THE CENTRAL REGION, GLU 6, GLU 83, TRIMETHYL-LYSINE 115, GLU 123 AND GLU 127 ARE NOT SEEN IN THE CRYSTAL STRUCTURE, AS WELL AS THE N-TERMINAL ALA 1, ASP 2 AND C-TERMINAL ALA 147, LYS 148 RESIDUES. TEMPERATURE FACTORS FOR THE ATOMS IN RESIDUES 75 - 81 ARE UNUSUALLY HIGH, INDICATING FLEXIBILITY IN THIS REGION. THE C-TERMINAL RESIDUES WERE NOT SEEN IN THE DENSITY MAPS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.301 259 5.1 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.207 4965 94.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.676 Å2-1.466 Å20 Å2
2---0.676 Å20 Å2
3----2.985 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.431 Å0.29 Å
Luzzati d res low-2.74 Å
Luzzati sigma a0.526 Å0.246 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→24.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1096 0 80 0 1176
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.358
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.234
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.566
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.64→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.085 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.445 30 5.2 %
Rwork0.228 473 -
obs--85.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2CA.PARCA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3AAA.PARAAA.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.23
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.566

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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