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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qhi | ||||||
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タイトル | HERPES SIMPLEX VIRUS TYPE-I THYMIDINE KINASE COMPLEXED WITH A NOVEL NON-SUBSTRATE INHIBITOR, 9-(4-HYDROXYBUTYL)-N2-PHENYLGUANINE | ||||||
要素 | PROTEIN (THYMIDINE KINASE) | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / TRANSFERASE (PHOSPHOTRANSFERASE) THYMIDINE / TRANSFERASE (PHOSPHOTRANSFERASE) THYMIDINE KINASE / VIRIDAE / DS-DNA ENVELOPED VIRUSES / HERPESVIRIDAE / ALPHAHERPESVIRINAE NOVEL INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 TMP biosynthetic process / thymidine kinase / thymidine kinase activity / DNA biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Herpes simplex virus (ヘルペスウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Bennett, M.S. / Wien, F. / Champness, J.N. / Batuwangala, T. / Rutherford, T. / Summers, W.C. / Sun, H. / Wright, G. / Sanderson, M.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1999 タイトル: Structure to 1.9 A resolution of a complex with herpes simplex virus type-1 thymidine kinase of a novel, non-substrate inhibitor: X-ray crystallographic comparison with binding of aciclovir. 著者: Bennett, M.S. / Wien, F. / Champness, J.N. / Batuwangala, T. / Rutherford, T. / Summers, W.C. / Sun, H. / Wright, G. / Sanderson, M.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qhi.cif.gz | 135.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qhi.ent.gz | 104.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qhi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qhi_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1qhi_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1qhi_validation.xml.gz | 27.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qhi_validation.cif.gz | 38.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/1qhi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/1qhi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39889.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 9-(4-HYDROXYBUTYL)-N2-PHENYLGUANINE 由来: (組換発現) Herpes simplex virus (type 1 / strain 17) (ヘルペスウイルス) 属: Simplexvirus / 生物種: Human herpesvirus 1 / 株: 17 / プラスミド: PT7 HSVTK / 遺伝子 (発現宿主): TK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SY211 参照: UniProt: P03176, UniProt: P0DTH5*PLUS, thymidine kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.8 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: PUBLISHED IN BENNETT, M.S. ET AL. FEBS LETT., VOL.443 (1999) 121-125, pH 7.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / 手法: 蒸気拡散法詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9 |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: OTWINOWSKI MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.87→16 Å / Num. obs: 55222 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 4 |
反射 シェル | 解像度: 1.87→1.93 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.36 / % possible all: 89.1 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.044 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89.1 % / Rmerge(I) obs: 0.36 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: 1KIM 解像度: 1.9→12 Å / Isotropic thermal model: INDIVIDUAL B-FACTOR REFINEMENT / 交差検証法: FREE R / σ(F): 3 / 詳細: NCS RESTRAINTS NOT USED IN FINAL CYCLES.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→12 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NCS RESTRAINT NOT USED IN FINAL REFINEMENT STAGES. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1F / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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