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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qf3 | ||||||
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タイトル | PEANUT LECTIN COMPLEXED WITH METHYL-BETA-GALACTOSE | ||||||
![]() | PROTEIN (PEANUT LECTIN) | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / LECTIN / LEGUME LECTIN / WATER BRIDGES / CARBOHYDRATE SPECIFICITY / METHYL-BETA- GALACTOSE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Ravishankar, R. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of the complexes of peanut lectin with methyl-beta-galactose and N-acetyllactosamine and a comparative study of carbohydrate binding in Gal/GalNAc-specific legume lectins. 著者: Ravishankar, R. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. #1: ![]() タイトル: The Specificity of Peanut Agglutinin for Thomsen-Friedenreich Antigen is Mediated by Water-Bridges 著者: Ravishankar, R. / Ravindran, M. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. #2: ![]() タイトル: Conformation, protein-carbohydrate interactions and a novel subunit association in the refined structure of peanut lectin-lactose complex. 著者: Banerjee, R. / Das, K. / Ravishankar, R. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. #3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994 タイトル: Crystal structure of peanut lectin, a protein with an unusual quaternary structure. 著者: Banerjee, R. / Mande, S.C. / Ganesh, V. / Das, K. / Dhanaraj, V. / Mahanta, S.K. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 189.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 152 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 465.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 476.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 53.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25208.955 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 糖 | ChemComp-MBG / #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-MN / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.69 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: HANGING DROP OF 5 MG/ML PROTEIN IN 0.05 M SODIUM PHOSPHATE BUFFER,PH 7.0, CONTAINING 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.02 % SODIUM AZIDE, 1.5-10MM METHYL-BETA- GALACTOSE AND 12% (W/V) PEG 8000 IN THE ...詳細: HANGING DROP OF 5 MG/ML PROTEIN IN 0.05 M SODIUM PHOSPHATE BUFFER,PH 7.0, CONTAINING 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.02 % SODIUM AZIDE, 1.5-10MM METHYL-BETA- GALACTOSE AND 12% (W/V) PEG 8000 IN THE SAME BUFFER, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRROR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→99 Å / Num. obs: 31250 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 18.3 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.128 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 573611 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: PDB2PEL.ENT WITHOUT SUGAR AND WATER 解像度: 2.8→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: THERE IS A TETRAMER IN THE ASYMMETRIC UNIT WITHOUT 222 OR FOUR-FOLD SYMMETRY.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 19.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4 % / Rfactor obs: 0.195 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 19.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.34 / % reflection Rfree: 3.7 % / Rfactor Rwork: 0.261 |