PDB-1q6q: Structure of 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase with bou...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1q6q

タイトル

Structure of 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase with bound xylitol 5-phosphate

要素

3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase

キーワード

LYASE / BETA BARREL

機能・相同性

機能・相同性情報

3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase / 3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase activity / L-ascorbic acid catabolic process / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.695 Å

データ登録者

Wise, E.L. / Yew, W.S. / Gerlt, J.A. / Rayment, I.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Structural Evidence for a 1,2-Enediolate Intermediate in the Reaction Catalyzed by 3-Keto-l-Gulonate 6-Phosphate Decarboxylase, a Member of the Orotidine 5'-Monophosphate Decarboxylase Suprafamily
著者: Wise, E.L. / Yew, W.S. / Gerlt, J.A. / Rayment, I.

履歴

登録	2003年8月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1q6q.cif.gz	99.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1q6q.ent.gz	80.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1q6q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1q6q_validation.pdf.gz	453.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1q6q_full_validation.pdf.gz	455.9 KB	表示
XML形式データ	1q6q_validation.xml.gz	22.4 KB	表示
CIF形式データ	1q6q_validation.cif.gz	33.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/1q6q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/1q6q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1q6lC 1q6oC 1q6rC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1kw1-d 3exs-1 1q6r-d 3p61-d 3qez-d 5ky8-d 1x1z-d 3lhv-2 3sw6-1 3w07-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase

B: 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

47.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase

B: 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

A: 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase

B: 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
95.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.182, 41.727, 92.125
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.87, 90.00
Int Tables number	5
Cell setting	monoclinic
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-7453- HOH

#1: タンパク質	3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase / E.C.4.1.2.- / Probable hexulose-6-phosphate synthase / HUMPS / D-arabino 3-hexulose 6-phosphate formaldehyde lyase 分子量: 23603.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P39304, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-LXP / L-XYLITOL 5-PHOSPHATE 分子量: 232.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₃O₈P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.8 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7
詳細: 15% MePEG 2000, 50 mM BTP pH 7.0, 5 mM MgCl2, microbatch, temperature 298K

結晶化

*PLUS

手法: batch method

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	50 mM	HEPES	1	1	pH7.5
2	5 mM		1	1		MgCl2
3	100 mM		1	1		NaCl
4	15 mg/ml	protein	1	1
5	100 mM	BTP	1	1	pH7.0
6	5 mM		1	1		MgCl2
7	16 %	PEG5000 ME	1	1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.695→100 Å / Num. obs: 49427 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / Net I/σ(I): 27.8
反射シェル	解像度: 1.695→1.75 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 82.8
反射	PLUS 最高解像度: 1.69 Å / Num. obs: 49731 / Num. measured all: 526555 / R_merge(I) obs*: 0.06
反射シェル	PLUS 最高解像度: 1.69 Å / % possible obs: 82.8 % / R_merge(I) obs*: 0.227

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.19	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
DENZO		データ削減
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.695→91.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 1.992 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20656	2538	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17177	-	-	-
obs	0.1735	47189	95.2 %	-
all	-	49427	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.917 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.16 Å²	0 Å²	0.45 Å²
2-	-	1.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.695→91.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3276	0	30	410	3716

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.021	3362
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3144
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.701	1.947	4566
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.32	3	7261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.402	5	424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	532
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3730
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	674
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	703
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.246	0.2	3699
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	2060
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	293
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.192	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.294	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.179	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.783	2.5	2111
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.726	4	3378
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.642	5	1251
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.259	6.5	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.695→1.739 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.289	161
R_work	0.217	2801

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.69 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. reflection obs: 47245 / Num. reflection R_free: 2482 / R_factor R_free: 0.206 / R_factor R_work: 0.172

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.02
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.7

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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