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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1q6l | ||||||
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タイトル | Structure of 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase with bound L-threonohydroxamate 4-phosphate | ||||||
![]() | 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase | ||||||
![]() | LYASE / BETA BARREL | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase / 3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase activity / L-ascorbic acid catabolic process / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wise, E.L. / Yew, W.S. / Gerlt, J.A. / Rayment, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Evidence for a 1,2-Enediolate Intermediate in the Reaction Catalyzed by 3-Keto-l-Gulonate 6-Phosphate Decarboxylase, a Member of the Orotidine 5'-Monophosphate Decarboxylase Suprafamily 著者: Wise, E.L. / Yew, W.S. / Gerlt, J.A. / Rayment, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 96.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 79.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 445.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 449.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23603.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P39304, 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 詳細: 16% MEPEG 2000, 50 mM BTP pH 7.0, 5 mM MgCl2, Microbatch, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→91.2 Å / Num. all: 56895 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 24.3 Å2 / Net I/σ(I): 5.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.099 / % possible all: 77.8 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 32215 / Num. measured all: 56895 / Rmerge(I) obs: 0.03 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 77.8 % / Rmerge(I) obs: 0.099 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.735 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→91.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 30 Å / Rfactor Rfree: 0.218 / Rfactor Rwork: 0.173 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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