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万見
- PDB-1ppr: PERIDININ-CHLOROPHYLL-PROTEIN OF AMPHIDINIUM CARTERAE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ppr
タイトルPERIDININ-CHLOROPHYLL-PROTEIN OF AMPHIDINIUM CARTERAE
要素PERIDININ-CHLOROPHYLL PROTEIN
キーワードLIGHT-HARVESTING PROTEIN / LIGHT HARVESTING PROTEIN / PHOTOSYNTHESIS / CAROTENOIDS / DINOFLAGELLATES
機能・相同性
機能・相同性情報


light-harvesting complex / chlorophyll binding / chloroplast
類似検索 - 分子機能
Peridinin-chlorophyll Protein, Chain M / Peridinin-chlorophyll A binding / Alpha solenoid / Peridinin-chlorophyll A binding protein / Peridinin-chlorophyll A binding superfamily / Peridinin-chlorophyll A binding protein / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / PERIDININ / Peridinin-chlorophyll a-binding protein 1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Amphidinium carterae (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hofmann, E. / Welte, W. / Diederichs, K.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1996
タイトル: Structural basis of light harvesting by carotenoids: peridinin-chlorophyll-protein from Amphidinium carterae.
著者: Hofmann, E. / Wrench, P.M. / Sharples, F.P. / Hiller, R.G. / Welte, W. / Diederichs, K.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1990
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of a Peridinin-Chlorophyll a Protein from Amphidinium Carterae
著者: Steck, K. / Wacker, T. / Welte, W. / Sharples, F.P. / Hiller, R.G.
履歴
登録1996年3月6日処理サイト: BNL
改定 1.01997年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年8月17日Group: Other
改定 2.02024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_status / pdbx_validate_chiral / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: PERIDININ-CHLOROPHYLL PROTEIN
N: PERIDININ-CHLOROPHYLL PROTEIN
O: PERIDININ-CHLOROPHYLL PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,80139
ポリマ－97,6053
非ポリマー26,19636
水7,494416
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)198.426, 116.296, 67.025
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.49854, -0.86687, 0.00145), (0.86687, -0.49853, 0.00261), (-0.00155, 0.00256, 1)153.34306, 46.75932, -0.2864
2given(-0.50059, 0.86564, 0.00864), (-0.86533, -0.50064, 0.02349), (0.02466, 0.00428, 0.99969)36.13253, 155.98816, -1.8953

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要素

#1: タンパク質 PERIDININ-CHLOROPHYLL PROTEIN / PCP


分子量: 32535.066 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amphidinium carterae (真核生物) / 株: CS-21 / 参照: UniProt: P80484
#2: 化合物
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#3: 化合物...
ChemComp-PID / PERIDININ


分子量: 630.810 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H50O7
#4: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化pH: 5.8 / 詳細: pH 5.8
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlprotein1drop
24-6 %PEG80001drop
3100 mM1dropMgCl2
450 mM1dropKCl
524 mMtriethylammoniumphosphate1drop
650 mMTris-HCl1drop
78-12 %PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 283 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.865
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年5月16日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.865 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→33.8 Å / Num. obs: 96045 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.19 / % possible all: 92.6
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.4 % / Rmerge(I) obs: 0.265

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 2→40 Å / 交差検証法: R-FREE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 2325 2.45 %SHELLS
Rwork0.179 ---
obs0.179 94989 92.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6846 0 1890 416 9152
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.29
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.39
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.68
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDNCS model detailsRefine-IDWeight Biso Weight position
11RESTRAINTS, APPLIED TO M, N, OX-RAY DIFFRACTION3400
22X-RAY DIFFRACTION3200
33X-RAY DIFFRACTION2100
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2EPAR.CHROMOETOP.CHROMO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 93720
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.39
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg2.68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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