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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pea | ||||||
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タイトル | AMIDE RECEPTOR/NEGATIVE REGULATOR OF THE AMIDASE OPERON OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA (AMIC) COMPLEXED WITH ACETAMIDE | ||||||
要素 | AMIDASE OPERON | ||||||
キーワード | BINDING PROTEIN / GENE REGULATOR / RECEPTOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 amide binding / regulation of amide catabolic process / amino acid transport / kinase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Pearl, L.H. / O'Hara, B.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 1994 タイトル: Crystal structure of AmiC: the controller of transcription antitermination in the amidase operon of Pseudomonas aeruginosa. 著者: Pearl, L. / O'Hara, B. / Drew, R. / Wilson, S. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Data for the Negative Regulator (Amic) of the Amidase Operon of Pseudomonas Aeruginosa 著者: Wilson, S.A. / Chayen, N.E. / Hemmings, A.M. / Drew, R.E. / Pearl, L.H. #2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1993 タイトル: Antitermination of Amidase Expression in Pseudomonas Aeruginosa is Controlled by a Novel Cytoplasmic Amide-Binding Protein 著者: Wilson, S.A. / Wachira, S.J. / Drew, R.E. / Jones, D. / Pearl, L.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pea.cif.gz | 84.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pea.ent.gz | 65.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pea.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1pea_validation.pdf.gz | 380.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1pea_full_validation.pdf.gz | 391.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1pea_validation.xml.gz | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1pea_validation.cif.gz | 14.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/1pea ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/1pea | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42960.031 Da / 分子数: 1 / 断片: AMIDE RECEPTOR/NEGATIVE REGULATOR / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAC1 / 発現宿主: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: P27017 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ACM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.65 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 43 % | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: macro-seeding | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.882 Å |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.882 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→8 Å / Num. obs: 21687 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.064 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.101 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.1→8 Å / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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