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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1oxn | ||||||
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タイトル | Structure and Function Analysis of Peptide Antagonists of Melanoma Inhibitor of Apoptosis (ML-IAP) | ||||||
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![]() | APOPTOSIS/peptide / zinc binding / peptide complex / apoptosis inhibition / APOPTOSIS-peptide complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of natural killer cell apoptotic process / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / lens development in camera-type eye / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of JNK cascade / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity ...regulation of natural killer cell apoptotic process / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / lens development in camera-type eye / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of JNK cascade / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / regulation of cell population proliferation / regulation of apoptotic process / regulation of cell cycle / protein ubiquitination / centrosome / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / Golgi apparatus / enzyme binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Franklin, M.C. / Kadkhodayan, S. / Ackerly, H. / Alexandru, D. / Distefano, M.D. / Elliott, L.O. / Flygare, J.A. / Vucic, D. / Deshayes, K. / Fairbrother, W.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and Function Analysis of Peptide Antagonists of Melanoma Inhibitor of Apoptosis (ML-IAP) 著者: Franklin, M.C. / Kadkhodayan, S. / Ackerly, H. / Alexandru, D. / Distefano, M.D. / Elliott, L.O. / Flygare, J.A. / Mausisa, G. / Okawa, D.C. / Ong, D. / Vucic, D. / Deshayes, K. / Fairbrother, W.J. #1: ![]() タイトル: ML-IAP, a novel inhibitor of apoptosis that is preferentially expressed in human melanomas 著者: Vucic, D. / Stennicke, H.R. / Pisabarro, M.T. / Salvesen, G.S. / Dixit, V.M. #2: ![]() タイトル: SMAC negatively regulates the anti-apoptotic activity of melanoma inhibitor of apoptosis (ML-IAP) 著者: Vucic, D. / Deshayes, K. / Ackerly, H. / Pisabarro, M.T. / Kadkhodayan, S. / Fairbrother, W.J. / Dixit, V.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 125.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 96.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | Each of the five BIR domains in the asymmetric unit represents the biologically active monomer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15749.411 Da / 分子数: 5 / 断片: BIR domain, residues 63-179 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1017.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-P33 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: sodium acetate, PEG 300, DTT , pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月12日 / 詳細: double crystal monochromator | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 74935 / Num. obs: 73906 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 33.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 19.1 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.216 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 7395 / Rsym value: 0.216 / % possible all: 99.6 | ||||||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rmerge(I) obs: 0.04 | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.6 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: The discrepancies between observed reflections and reflections used for refinement is due to merging of Bijvoet mates during refinement. Since the dataset was collected at the zinc anomalous ...詳細: The discrepancies between observed reflections and reflections used for refinement is due to merging of Bijvoet mates during refinement. Since the dataset was collected at the zinc anomalous edge, the Bijvoet mates are not identical and represent crystallographically unique reflections.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.119 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 71265 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.225 / Rfactor Rwork: 0.169 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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