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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1one | ||||||
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タイトル | YEAST ENOLASE COMPLEXED WITH AN EQUILIBRIUM MIXTURE OF 2'-PHOSPHOGLYCEATE AND PHOSPHOENOLPYRUVATE | ||||||
要素 | ENOLASE | ||||||
キーワード | LYASE / GLYCOLYSIS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Gluconeogenesis / regulation of vacuole fusion, non-autophagic / Glycolysis / melatonin binding / phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / fungal-type vacuole / glycolytic process / magnesium ion binding ...Gluconeogenesis / regulation of vacuole fusion, non-autophagic / Glycolysis / melatonin binding / phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / fungal-type vacuole / glycolytic process / magnesium ion binding / mitochondrion / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Larsen, T.M. / Wedekind, J.E. / Rayment, I. / Reed, G.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: A carboxylate oxygen of the substrate bridges the magnesium ions at the active site of enolase: structure of the yeast enzyme complexed with the equilibrium mixture of 2- ...タイトル: A carboxylate oxygen of the substrate bridges the magnesium ions at the active site of enolase: structure of the yeast enzyme complexed with the equilibrium mixture of 2-phosphoglycerate and phosphoenolpyruvate at 1.8 A resolution. 著者: Larsen, T.M. / Wedekind, J.E. / Rayment, I. / Reed, G.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1one.cif.gz | 199.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1one.ent.gz | 155 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1one.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1one_validation.pdf.gz | 408.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1one_full_validation.pdf.gz | 430.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1one_validation.xml.gz | 20.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1one_validation.cif.gz | 36.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/1one ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/1one | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46732.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P00924, phosphopyruvate hydratase #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: batch method / 詳細: macroseeding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 71494 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 6 Å / % possible obs: 92 % / Num. measured all: 113340 / Rmerge(I) obs: 0.033 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.85 Å / % possible obs: 81 % / Num. possible: 6132 / Rmerge(I) obs: 0.132 |
-解析
ソフトウェア | 名称: TNT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.8→60 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→60 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.177 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_plane_restr / Dev ideal: 0.009 |