PDB-1oj7: STRUCTURAL GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION CRYSTAL STRUCTURE OF E. COL...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1oj7

タイトル

STRUCTURAL GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI K-12 YQHD

要素

HYPOTHETICAL OXIDOREDUCTASE YQHD

キーワード

OXIDOREDUCTASE / HYPOTHETICAL OXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / REDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

alcohol dehydrogenase [NAD(P)+] activity / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / butanol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase (NADP+) / alcohol dehydrogenase (NADP+) activity / response to reactive oxygen species / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2 Å

データ登録者

Sulzenbacher, G. / Perrier, S. / Roig-Zamboni, V. / Pagot, F. / Grisel, S. / Salamoni, A. / Valencia, C. / Bignon, C. / Vincentelli, R. / Tegoni, M. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of E.Coli Alcohol Dehydrogenase Yqhd: Evidence of a Covalently Modified Nadp Coenzyme
著者: Sulzenbacher, G. / Alvarez, K. / Van-Den-Heuvel, R.H.H. / Versluis, C. / Spinelli, S. / Campanacci, V. / Valencia, C. / Cambillau, C. / Eklund, H. / Tegoni, M.

履歴

登録	2003年7月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1oj7.cif.gz	346.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1oj7.ent.gz	283.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1oj7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1oj7_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1oj7_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	1oj7_validation.xml.gz	71.4 KB	表示
CIF形式データ	1oj7_validation.cif.gz	105.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/1oj7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/1oj7	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1vhd-d 5yvs-1 3ppc-1 6c76-d 2qjj-1 4gme-d 4k1w-2 6pz1-d 4hni-d 1p7t-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HYPOTHETICAL OXIDOREDUCTASE YQHD

B: HYPOTHETICAL OXIDOREDUCTASE YQHD

C: HYPOTHETICAL OXIDOREDUCTASE YQHD

D: HYPOTHETICAL OXIDOREDUCTASE YQHD

ヘテロ分子

181 kDa, 4 ポリマー
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1

A: HYPOTHETICAL OXIDOREDUCTASE YQHD

D: HYPOTHETICAL OXIDOREDUCTASE YQHD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: HYPOTHETICAL OXIDOREDUCTASE YQHD

C: HYPOTHETICAL OXIDOREDUCTASE YQHD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	237.925, 237.925, 66.744
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.46047, 0.09124, -0.88297), (0.76068, 0.47214, 0.44548), (0.45753, -0.87679, 0.14801)	56.95176, -61.81264, -48.72829
2	given	(0.37569, 0.08239, -0.92308), (-0.78774, -0.49629, -0.36491), (-0.48818, 0.86424, -0.12155)	67.36762, 95.38748, 114.93341
3	given	(-0.62027, 0.06768, -0.78146), (0.07061, -0.98741, -0.14156), (-0.7812, -0.14298, 0.60768)	197.64517, -66.61557, 90.04625

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	HYPOTHETICAL OXIDOREDUCTASE YQHD 分子量: 44691.711 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q46856

-
非ポリマー , 5種, 1503分子

#2: 化合物	ChemComp-NZQ / 5,6-DIHYDROXY-NADP 分子量: 779.436 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₂N₇O₁₉P₃
#3: 化合物	ChemComp-BO3 / BORIC ACID / ほう酸分子量: 61.833 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: BH₃O₃
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.7 % 解説: THE STRUCTURE WAS SOLVED BY SAD ON THE PLATINUM EDGE, BUT THE MODEL WAS REFINED AGAINST THE NATIVE DATA
結晶化	pH: 8.5 / 詳細: 0,95 M NA-CITRATE, 0.01 M NA-BORATE PH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9762
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→47 Å / Num. obs: 80905 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 2.5 % / B_iso Wilson estimate: 23.32 Å² / R_merge(I) obs: 0.047 / R_sym value: 0.066 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.158 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / R_sym value: 0.223 / % possible all: 92.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALA		データスケーリング
SOLVE		位相決定
MLPHARE		位相決定
REFMAC	5.1.24	精密化

精密化

構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2→47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 2.795 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.164	4134	3 %	RANDOM
R_work	0.145	-	-	-
obs	0.146	134578	95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.97 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.69 Å²	0.34 Å²	0 Å²
2-	-	0.69 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11948	0	162	1494	13604

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.021	12707
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	11649
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.115	1.967	17330
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.776	3	27149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.212	5	1570
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	1999
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	13928
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2393
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	2708
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.229	0.2	13724
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	6987
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	1328
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.157	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.147	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.246	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.211	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.432	1.5	7815
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.837	2	12642
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.391	3	4892
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.404	4.5	4677
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.201	319
R_work	0.182	9589

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7377	2.412	0.5875	3.975	-0.1037	0.7151	0.0964	0.1847	0.0392	-0.0669	-0.1194	0.1011	0.0183	0.015	0.023	0.2844	-0.0228	0.0145	0.2551	-0.0614	0.3893	103.18	-33.146	26.33
2	1.2885	-0.1961	0.3673	1.0253	-0.054	1.1012	0.0215	0.2686	0.0901	-0.1754	-0.0691	-0.2048	-0.022	0.064	0.0476	0.3084	-0.0567	0.0408	0.3129	0.0438	0.3399	103.528	-13.561	16.484
3	0.8553	-0.2058	0.1074	0.799	-0.0354	0.3394	-0.0717	0.0444	-0.0294	-0.0032	0.0449	-0.0443	-0.0096	-0.0146	0.0268	0.3115	-0.0425	-0.0174	0.2738	-0.0032	0.3869	96.726	-23.764	36.917
4	1.167	-0.4255	0.4097	1.3803	-0.2742	0.8527	-0.0471	0.0263	-0.0768	-0.0512	0.1057	0.0809	-0.0185	-0.1357	-0.0586	0.3011	-0.062	-0.01	0.2872	0.0141	0.3414	79.806	-22.363	33.27
5	3.6331	2.0585	2.5383	4.7155	3.446	2.1392	0.0345	0.0682	-0.1668	-0.1069	-0.0972	-0.2838	0.1612	0.0993	0.0627	0.2281	-0.0598	0.007	0.1909	0.0112	0.2313	96.261	-11.616	26.392
6	0.9881	1.5772	-1.0204	5.3472	-2.3203	1.3882	-0.0729	0.1292	-0.0041	-0.0929	0.0841	-0.048	-0.0221	-0.0678	-0.0112	0.4026	-0.0589	-0.027	0.3143	0.0215	0.2446	78.298	12.701	31.354
7	0.4681	-0.3218	-0.1221	1.5403	0.535	1.136	0.0601	0.0279	0.0265	-0.1633	0.0573	-0.1823	-0.1892	0.1254	-0.1174	0.365	-0.0963	0.0225	0.3099	0.04	0.2756	88.806	17.923	13.054
8	0.0943	-0.0288	0.0068	0.9663	0.0938	0.5304	0.063	-0.0015	-0.0182	-0.085	-0.0259	0.0581	-0.0999	-0.0935	-0.037	0.4056	-0.0147	-0.023	0.331	0.0329	0.2633	66.749	16.969	21.79
9	0.5177	-0.1636	-0.2726	0.68	0.0789	1.7539	-0.013	0.0335	-0.0709	-0.075	-0.0006	0.0459	0.0626	-0.1791	0.0136	0.3436	-0.0525	-0.0318	0.3381	0.0316	0.2615	62.298	3.114	12.28
10	4.2766	5.6972	0.1252	-0.5503	-0.7747	6.7755	0.1059	-0.0333	0.1584	-0.1536	-0.2143	-0.0186	-0.0425	-0.0014	0.1084	0.3072	-0.0356	0.0117	0.2253	0.0776	0.1314	76.892	17.735	9.257
11	-0.0392	-0.3812	0.6114	3.8379	-1.5773	1.397	-0.0086	-0.0086	-0.0318	0.213	0.0677	0.1064	-0.2296	-0.0683	-0.0591	0.4204	-0.0458	0.0261	0.3369	0.0381	0.2627	78.671	21.594	33.051
12	1.2849	1.0826	-0.0326	2.3894	-0.0333	0.5882	0.0814	-0.0336	0.0189	0.1332	-0.0022	-0.1664	0.0186	0.0184	-0.0792	0.3402	-0.0285	-0.0212	0.2697	0.0053	0.2961	91.507	14.061	50.658
13	0.0412	0.0014	-0.2667	2.166	-0.7067	0.7489	0.0071	0.0351	-0.018	0.0176	0.029	-0.0628	-0.0618	-0.0964	-0.0361	0.377	-0.0167	-0.016	0.3211	0.0205	0.275	67.195	17.751	42.825
14	0.889	0.2913	0.3015	1.5627	0.5924	1.5359	0.0123	0.0168	0.118	0.0579	-0.0345	0.0051	-0.0311	-0.1771	0.0223	0.3309	0.0369	-0.0135	0.2839	0.042	0.2896	63.094	31.774	52.445
15	2.2037	1.6728	1.0011	4.1812	2.1109	1.1893	-0.0181	0.1846	-0.0785	0.0412	-0.02	-0.2598	0.1163	0.0716	0.0381	0.3058	-0.0364	-0.0271	0.2419	-0.017	0.3769	110.84	-30.299	30.279
16	2.2241	-0.3524	0.5091	1.1917	-0.3354	1.0836	0.0277	0.5303	-0.4187	-0.3581	-0.0879	-0.2031	0.1536	0.1659	0.0603	0.33	-0.0083	0.1231	0.2963	-0.1794	0.3965	119.659	-48.288	21.101
17	1.3674	0.1509	0.3676	1.5221	-0.1297	0.0245	-0.0548	0.0377	-0.2167	0.0199	0.0042	-0.0585	-0.0116	0.0115	0.0506	0.3031	-0.0225	0.0044	0.2292	-0.026	0.4306	107.161	-41.508	40.385
18	2.4934	-0.0806	0.016	1.3835	-0.0146	0.4268	-0.0626	-0.197	-0.2785	0.1117	0.0638	-0.1473	0.0137	0.0386	-0.0012	0.2825	0.006	-0.0233	0.2191	0.0297	0.4094	120.573	-43.568	51.066
19	-1.047	-4.8109	3.6626	-4.8059	2.1736	5.5744	-0.347	0.3438	-0.4524	-0.5779	0.5328	-0.5848	-0.5008	-0.3879	-0.1859	0.1907	-0.0842	0.0646	0.0749	-0.1529	0.4324	116.589	-52.118	32.524

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-2 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	15 - 183
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	184 - 263
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	264 - 387
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	501
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	-2 - 14
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	15 - 183
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	184 - 263
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	264 - 387
10	X-RAY DIFFRACTION	10	F	502
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	-2 - 14
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	15 - 183
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	184 - 263
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	264 - 387
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	-2 - 14
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	15 - 183
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	184 - 263
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	264 - 387
19	X-RAY DIFFRACTION	19	H	503

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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