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万見
- PDB-1o9o: Crystal structure of the S131A mutant of Malonamidase E2 complexe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o9o
タイトルCrystal structure of the S131A mutant of Malonamidase E2 complexed with malonamate from Bradyrhizobium japonicum
要素MALONAMIDASE E2
キーワードAMIDASE / MALONAMIDASE / MUTANT / MALONAMATE
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity
類似検索 - 分子機能
Amidase / Amidase signature (AS) enzymes / Amidase signature (AS) domain / Amidase signature domain / Amidase signature (AS) superfamily / Amidase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-AMINO-3-OXOPROPANOIC ACID / Malonamidase E2
類似検索 - 構成要素
生物種BRADYRHIZOBIUM JAPONICUM (根粒菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Shin, S. / Oh, B.-H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Characterization of a Novel Ser-Cisser-Lys Catalytic Triad in Comparison with the Classical Ser-His-Asp Triad
著者: Shin, S. / Yun, Y.S. / Koo, H.M. / Kim, Y.S. / Choi, K.Y. / Oh, B.-H.
履歴
登録2002年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_method_to_determine_struct
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MALONAMIDASE E2
B: MALONAMIDASE E2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,6464
ポリマ－87,4402
非ポリマー2062
水16,718928
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)103.770, 95.138, 75.057
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 MALONAMIDASE E2


分子量: 43719.750 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MALONAMATE / 由来: (組換発現) BRADYRHIZOBIUM JAPONICUM (根粒菌) / プラスミド: PUC18 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZIV5
#2: 化合物 ChemComp-MLM / 3-AMINO-3-OXOPROPANOIC ACID / マロンアミド酸


分子量: 103.077 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 928 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CIS PEPTIDE BOND BETWEEN GLYCINE 130 AND ALANINE 131 ENGINEERED RESIDUES SER (131) ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.9 %
結晶化pH: 7
詳細: 20% PEG1000, 0.1M TRIS-HCL PH7.0, 5MM MALONAMATE, pH 7.00
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
220 %PEG10001reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoirpH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 33684 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.83 / Rsym value: 0.231 / % possible all: 79.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 345190 / Rmerge(I) obs: 0.086
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 79.8 % / Rmerge(I) obs: 0.231

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GR8

1gr8
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.3→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 -5 %RANDOM
Rwork0.166 ---
obs0.166 33684 90.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6122 0 14 928 7064
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0051
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.255
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CIS_PEP.PARAMMAM.TOP
X-RAY DIFFRACTION4MAM.PAR
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.235 / Rfactor Rwork: 0.196
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0029
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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