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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nym | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the complex between M182T mutant of TEM-1 and a boronic acid inhibitor (CXB) | ||||||
要素 | Beta-lactamase TEM | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Antibiotic resistance / beta-lactamase / acylation transition-state analog | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, X. / Minasov, G. / Blazquez, J. / Caselli, E. / Prati, F. / Shoichet, B.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: Recognition and resistance in TEM beta-lactamase 著者: Wang, X. / Minasov, G. / Caselli, E. / Prati, F. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nym.cif.gz | 155.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nym.ent.gz | 122 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nym.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1nym_validation.pdf.gz | 774.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1nym_full_validation.pdf.gz | 778.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1nym_validation.xml.gz | 18.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1nym_validation.cif.gz | 29.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/1nym ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/1nym | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28911.904 Da / 分子数: 1 / 変異: M182T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bla / プラスミド: pAlter EX II-TEM-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62593, beta-lactamase | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CXB / [( | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.39 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: sodium-potassium buffer, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月6日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→15 Å / Num. all: 71168 / Num. obs: 71168 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 30.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.24 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.289 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 6965 / % possible all: 98 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 421106 / Rmerge(I) obs: 0.05 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98 % / Num. unique obs: 6965 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1JWP 解像度: 1.2→15 Å / Num. parameters: 26888 / Num. restraintsaints: 46021 / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Konnert-Hendrickson Conjugate-Gradient Algorithm used in Refinement
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 170 / Occupancy sum hydrogen: 2034 / Occupancy sum non hydrogen: 2419.54 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.2→1.24 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.106 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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