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- PDB-1nx8: Structure of carbapenem synthase (CarC) complexed with N-acetyl p... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1nx8 | |||||||||
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Title | Structure of carbapenem synthase (CarC) complexed with N-acetyl proline | |||||||||
![]() | Carbapenem synthase | |||||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / jelly roll | |||||||||
Function / homology | ![]() (5R)-carbapenem-3-carboxylate synthase / dioxygenase activity / antibiotic biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Clifton, I.J. / Doan, L.X. / Sleeman, M.C. / Topf, M. / Suzuki, H. / Wilmouth, R.C. / Schofield, C.J. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of carbapenem synthase (CarC). Authors: Clifton, I.J. / Doan, L.X. / Sleeman, M.C. / Topf, M. / Suzuki, H. / Wilmouth, R.C. / Schofield, C.J. #1: ![]() Title: A Chiral Synthesis of trans-Carbapenam-3-carboxylic Acid and the Assignment of (3S, 5S) Configuration to the Corresponding Product from Serratia and Erwinia Species. Authors: Bycroft, B.W. / Chhabra, S.R. #2: ![]() Title: Three Unusual Reactions Mediate Carbapenem and Carbapenam Biosynthesis Authors: Li, R. / Stapon, A. / Blanchfield, J.T. / Townsend, C.A. #3: ![]() Title: Analysis of the carbapenem gene cluster of Erwinia carotovora: definition of the antibiotic biosynthetic genes and evidence for a novel beta-lactam resistance mechanism Authors: McGowan, S.J. / Sebaihia, M. / O'Leary, S. / Hardie, K.R. / Williams, P. / Stewart, G.S.A.B. / Bycroft, B.W. / Salmond, G.P.C. #4: ![]() Title: Bacterial production of carbapenems and clavams: evolution of beta-lactam antibiotic pathways Authors: McGowan, S.J. / Bycroft, B.W. / Salmond, G.P.C. #5: ![]() Title: Diastereoselective synthesis of 3,5-trans-(+)-(3R,5R)-3- carbomethoxycarbapenam from 3-hydroxypyridine: questioning the stereochemical assignment of the natural product Authors: Tanaka, H. / Sakagami, H. / Ogasawara, K. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 168.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 133.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 1nx4SC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Refine code: 4
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Details | The biological assembly is a hexamer generated from the trimer in the asymmetric unit by the operation: -x, y, 1/2-z |
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Components
#1: Protein | Mass: 31649.861 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.35 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: PEG 8000, ammonium acetate, isopropanol, Tris, iron sulphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Jan 30, 2002 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→24.885 Å / Num. all: 157442 / Num. obs: 41629 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 42.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 7.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Rmerge(I) obs: 0.235 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 98.6 |
Reflection | *PLUS Highest resolution: 2.3 Å / Lowest resolution: 25 Å / Num. obs: 41822 / Num. measured all: 157442 |
Reflection shell | *PLUS Highest resolution: 2.3 Å / % possible obs: 98.6 % |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1NX4 Resolution: 2.3→81.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 7.917 / SU ML: 0.194 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.362 / ESU R Free: 0.261 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.561 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→81.65 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Refinement | *PLUS Rfactor Rfree: 0.275 / Rfactor Rwork: 0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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