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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nqu | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Lumazine Synthase from Aquifex aeolicus in Complex with Inhibitor: 6,7-dioxo-5H-8-ribitylaminolumazine | ||||||
![]() | 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Lumazine synthase / Aquifex aeolicus / inhibitor complex / vitamin biosynthesis / catalytic mechanism | ||||||
機能・相同性 | ![]() 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / riboflavin synthase complex / riboflavin biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, X. / Meining, W. / Cushman, M. / Haase, I. / Fischer, M. / Bacher, A. / Ladenstein, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A structure-based model of the reaction catalyzed by lumazine synthase from Aquifex aeolicus. 著者: Zhang, X. / Meining, W. / Cushman, M. / Haase, I. / Fischer, M. / Bacher, A. / Ladenstein, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 173.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 140.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 12||||||||
単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is an icosahedral capsid generated from the pentamer in the asymmetric unit by the I23 crystllographic symmetry operactions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16727.201 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O66529, 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | ChemComp-RDL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.05 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: sodium-potassium tartrate, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8482 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→48.26 Å / Num. all: 97999 / Num. obs: 97592 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å / % possible all: 98.4 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 48.22 Å / Num. obs: 97916 / % possible obs: 99.9 % / Num. measured all: 735750 / Rmerge(I) obs: 0.062 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.271 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→48.26 Å
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ソフトウェア | *PLUS バージョン: 5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 48.22 Å | ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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