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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nl4 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Rat Farnesyl Transferase in Complex With A Potent Biphenyl Inhibitor | ||||||
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![]() | TRANSFERASE / Prenyltransferase | ||||||
機能・相同性 | ![]() Apoptotic cleavage of cellular proteins / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RAS processing / protein geranylgeranyltransferase activity / protein geranylgeranyltransferase type I / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein farnesylation / positive regulation of tubulin deacetylation / protein farnesyltransferase ...Apoptotic cleavage of cellular proteins / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RAS processing / protein geranylgeranyltransferase activity / protein geranylgeranyltransferase type I / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein farnesylation / positive regulation of tubulin deacetylation / protein farnesyltransferase / protein farnesyltransferase activity / protein farnesyltransferase complex / regulation of fibroblast proliferation / Rab geranylgeranyltransferase activity / protein geranylgeranylation / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / negative regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / farnesyltranstransferase activity / microtubule associated complex / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / positive regulation of Rac protein signal transduction / alpha-tubulin binding / : / positive regulation of cell cycle / response to cytokine / wound healing / response to organic cyclic compound / lipid metabolic process / receptor tyrosine kinase binding / positive regulation of fibroblast proliferation / fibroblast proliferation / microtubule binding / cell population proliferation / molecular adaptor activity / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Curtin, M.L. / Florjancic, A.S. / Cohen, J. / Gu, W.-J. / Frost, D.J. / Muchmore, S.W. / Sham, H.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Novel and Selective Imidazole-containing Biphenyl Inhibitors of Protein Farnesyltransferase 著者: Curtin, M.L. / Florjancic, A.S. / Cohen, J. / Gu, W.-J. / Frost, D.J. / Muchmore, S.W. / Sham, H.L. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | sequence Author indicates that this represents an inconsequential mutation |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 139.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 105.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37634.293 Da / 分子数: 1 / 断片: residue 55-366 / 変異: I156T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q04631, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - |
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#2: タンパク質 | 分子量: 44879.297 Da / 分子数: 1 / 断片: residue 23-423 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q02293, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - |
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#4: 化合物 | ChemComp-HFP / |
#5: 化合物 | ChemComp-FTL / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.21 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: equilibriate equal volumes of 10mg/ml protein stock solution (with 50mM Tris, 1mM DTT, 1mM NaN3, 5 mM ZnCl2-pH 8.2) and well solution containing 100mM KCl, 100mM Sodium Acetate, at pH 4.8, ...詳細: equilibriate equal volumes of 10mg/ml protein stock solution (with 50mM Tris, 1mM DTT, 1mM NaN3, 5 mM ZnCl2-pH 8.2) and well solution containing 100mM KCl, 100mM Sodium Acetate, at pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
結晶化 | *PLUS 詳細: Strickland, C.L., (19999) J. Med. Chem., 42, 2125. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 26759 / Num. obs: 26759 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 50 Å / % possible obs: 98 % / Rmerge(I) obs: 0.048 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / Rfactor Rfree: 0.321 / Rfactor Rwork: 0.249 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |