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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ngp | ||||||
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タイトル | N1G9 (IGG1-LAMBDA) FAB FRAGMENT COMPLEXED WITH (4-HYDROXY-3-NITROPHENYL) ACETATE | ||||||
要素 | (N1G9 (IGG1-LAMBDA)) x 2 | ||||||
キーワード | IMMUNOGLOBULIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Mizutani, R. / Satow, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995 タイトル: Three-dimensional structures of the Fab fragment of murine N1G9 antibody from the primary immune response and of its complex with (4-hydroxy-3-nitrophenyl)acetate. 著者: Mizutani, R. / Miura, K. / Nakayama, T. / Shimada, I. / Arata, Y. / Satow, Y. #1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1988 タイトル: Antibody Engineering for the Analysis of Affinity Maturation of an Anti-Hapten Response 著者: Allen, D. / Simon, T. / Sablitzky, F. / Rajewsky, K. / Cumano, A. #2: ジャーナル: Eur.J.Immunol. / 年: 1985 タイトル: Structure of Primary Anti-(4-Hydroxy-3-Nitrophenyl)Acetyl (Np) Antibodies in Normal and Idiotypically Suppressed C57Bl/6 Mice 著者: Cumano, A. / Rajewsky, K. #3: ジャーナル: Nature / 年: 1982 タイトル: Somatic Variants of Murine Immunoglobulin Lambda Light Chains 著者: Bothwell, A.L. / Paskind, M. / Reth, M. / Imanishi-Kari, T. / Rajewsky, K. / Baltimore, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ngp.cif.gz | 93.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ngp.ent.gz | 75.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ngp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ngp_validation.pdf.gz | 405.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ngp_full_validation.pdf.gz | 423.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ngp_validation.xml.gz | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ngp_validation.cif.gz | 19.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/1ngp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/1ngp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23129.604 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6 / 参照: GenBank: 387376, UniProt: G0YP42*PLUS |
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#2: 抗体 | 分子量: 24082.002 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6 / 参照: UniProt: P01751 |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 化合物 | ChemComp-NPA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE NUMBERING SYSTEM USED IN THIS ENTRY IS SEQUENTIAL, FROM 1 TO 211 FOR THE LIGHT CHAIN AND FROM 1 ...THE NUMBERING SYSTEM USED IN THIS ENTRY IS SEQUENTIAL |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 10 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / タイプ: PHOTON FACTORY / 波長: 0.8931 |
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検出器 | タイプ: SATOW / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年2月22日 / 詳細: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / PT MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→19 Å / Num. obs: 21761 / % possible obs: 89.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.51 % / Rmerge(I) obs: 0.066 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 15 Å / % possible obs: 89 % / Num. measured all: 76319 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.6 Å / % possible obs: 68 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.4→15 Å / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→15 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.25 / Rfactor obs: 0.196 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |