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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1naa | |||||||||
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タイトル | Cellobiose Dehydrogenase Flavoprotein Fragment in Complex with Cellobionolactam | |||||||||
![]() | Cellobiose dehydrogenase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / GMC oxidoreductase / alpha/beta structure / rossmann fold / PHBH fold / product analogue complex / 6-hydroxylated FAD | |||||||||
機能・相同性 | ![]() cellobiose dehydrogenase (acceptor) / cellobiose dehydrogenase (acceptor) activity / cellulose catabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Hallberg, B.M. / Henriksson, G. / Pettersson, G. / Vasella, A. / Divne, C. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Mechanism of the reductive half-reaction in cellobiose dehydrogenase 著者: Hallberg, B.M. / Henriksson, G. / Pettersson, G. / Vasella, A. / Divne, C. #1: ![]() タイトル: Crystal structure of the flavoprotein domain of the extracellular flavocytochrome cellobiose dehydrogenase 著者: Hallberg, B.M. / Henriksson, G. / Pettersson, G. / Divne, C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 237.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 187.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 49.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 75.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1kdgS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57544.973 Da / 分子数: 2 / 断片: c-terminal flavoprotein fragment / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q01738, cellobiose dehydrogenase (acceptor) #2: 糖 | ChemComp-NAG / #3: 化合物 | #4: 糖 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.02 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: ammonium sulfate, dioxane, mes, cellobionolactam, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 15 ℃ / 詳細: Hallberg, B.M., (2002) J.Mol.Biol., 315, 421. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.977 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→57 Å / Num. all: 98043 / Num. obs: 95043 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.498 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 85.4 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 57 Å / Num. measured all: 376799 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 85.4 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1KDG 解像度: 1.8→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å | |||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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