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- PDB-1naa: Cellobiose Dehydrogenase Flavoprotein Fragment in Complex with Ce... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1naa
タイトルCellobiose Dehydrogenase Flavoprotein Fragment in Complex with Cellobionolactam
要素Cellobiose dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / GMC oxidoreductase / alpha/beta structure / rossmann fold / PHBH fold / product analogue complex / 6-hydroxylated FAD
機能・相同性
機能・相同性情報


cellobiose dehydrogenase (acceptor) / cellobiose dehydrogenase (acceptor) activity / cellulose catabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / DOMON domain / Possible catecholamine-binding domain present in a variety of eukaryotic proteins. / Cellobiose dehydrogenase, cytochrome domain / Cytochrome domain of cellobiose dehydrogenase / Cholesterol Oxidase; domain 2 / Cholesterol Oxidase; domain 2 / GMC oxidoreductases signature 1. / GMC oxidoreductases signature 2. / NAD(P)-binding Rossmann-like domain ...: / DOMON domain / Possible catecholamine-binding domain present in a variety of eukaryotic proteins. / Cellobiose dehydrogenase, cytochrome domain / Cytochrome domain of cellobiose dehydrogenase / Cholesterol Oxidase; domain 2 / Cholesterol Oxidase; domain 2 / GMC oxidoreductases signature 1. / GMC oxidoreductases signature 2. / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-HYDROXY-FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-ABL / Cellobiose dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Phanerochaete chrysosporium (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hallberg, B.M. / Henriksson, G. / Pettersson, G. / Vasella, A. / Divne, C.
引用
ジャーナル: J.BIOL.CHEM. / 年: 2003
タイトル: Mechanism of the reductive half-reaction in cellobiose dehydrogenase
著者: Hallberg, B.M. / Henriksson, G. / Pettersson, G. / Vasella, A. / Divne, C.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the flavoprotein domain of the extracellular flavocytochrome cellobiose dehydrogenase
著者: Hallberg, B.M. / Henriksson, G. / Pettersson, G. / Divne, C.
履歴
登録2002年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellobiose dehydrogenase
B: Cellobiose dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,47811
ポリマ－115,0902
非ポリマー3,3889
水18,1411007
1
A: Cellobiose dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3496
ポリマ－57,5451
非ポリマー1,8045
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cellobiose dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1285
ポリマ－57,5451
非ポリマー1,5834
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)185.952, 185.952, 81.438
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Cellobiose dehydrogenase / CDH / Cellobiose-quinone oxidoreductase


分子量: 57544.973 Da / 分子数: 2 / 断片: c-terminal flavoprotein fragment / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phanerochaete chrysosporium (菌類) / 株: K3
参照: UniProt: Q01738, cellobiose dehydrogenase (acceptor)
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-6FA / 6-HYDROXY-FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 801.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O16P2
#4: 糖 ChemComp-ABL / (2R,3R,4R,5R)-4,5-dihydroxy-2-(hydroxymethyl)-6-oxopiperidin-3-yl beta-D-glucopyranoside / 5-amino-5-deoxy-cellobiono-1,5-lactam / (2R,3R,4R,5R)-4,5-dihydroxy-2-(hydroxymethyl)-6-oxopiperidin-3-yl beta-D-glucoside / (2R,3R,4R,5R)-4,5-dihydroxy-2-(hydroxymethyl)-6-oxopiperidin-3-yl D-glucoside / (2R,3R,4R,5R)-4,5-dihydroxy-2-(hydroxymethyl)-6-oxopiperidin-3-yl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 339.296 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H21NO10
識別子タイププログラム
5-amino-5-deoxy-cellobiono-1,5-lactamIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1007 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.02 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: ammonium sulfate, dioxane, mes, cellobionolactam, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
結晶化
*PLUS
温度: 15 ℃ / 詳細: Hallberg, B.M., (2002) J.Mol.Biol., 315, 421.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
12 mg/mlprotein1drop
21.6 Mammonium sulfate1reservoir
310 %(v/v)dioxane1reservoir
4100 mMMES1reservoirpH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→57 Å / Num. all: 98043 / Num. obs: 95043 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.498 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 85.4
反射
*PLUS
最低解像度: 57 Å / Num. measured all: 376799
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1KDG

1kdg


解像度: 1.8→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.185 1894 random
Rwork0.146 --
obs0.146 93130 -
all-95024 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8134 0 224 1007 9365
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.92
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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