ソフトウェア | 名称 | 分類 |
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DENZO | データ削減 | SCALEPACK | データスケーリング | CNS | 精密化 | CNS | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: lambda3 native structure 解像度: 2.8→29.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.268 | 1794 | 5.9 % | RANDOM |
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Rwork | 0.216 | - | - | - |
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all | 0.219 | 30191 | - | - |
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obs | 0.216 | 30191 | 79.5 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 16.4353 Å2 / ksol: 0.365407 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.8 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -2.91 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -2.17 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 5.07 Å2 |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.42 Å / Luzzati sigma a free: 0.43 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.71 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 9986 | 86 | 113 | 183 | 10368 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.008 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.4 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d21.7 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d1.03 | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 10
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.37 | 128 | 4.5 % |
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Rwork | 0.276 | 2700 | - |
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obs | - | - | 75.9 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | DNA-RNA_REP.PARAM | DNA-RNA.TOP | X-RAY DIFFRACTION | 3 | WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 4 | MGP_NTP_DEOXY_XPLOR.PARMGP_NTP_DEOXY_XPLOR.TOPX-RAY DIFFRACTION | 5 | ION.PARAMION.TOP | | | | | | | |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 30 Å / Rfactor Rfree: 0.261 / Rfactor Rwork: 0.193 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.007 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.395 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg21.7 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg1.03 | | | | | | |
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