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- PDB-1n1d: Glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase complexed with CDP-glycerol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n1d
タイトルGlycerol-3-phosphate cytidylyltransferase complexed with CDP-glycerol
要素glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / alpha/beta fold / cytidylyltransferase / nucleotidyltransferase / negative cooperativity / CDP-glycerol
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase / glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase activity / teichoic acid biosynthetic process / cell wall organization / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2G / Glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pattridge, K.A. / Weber, C.H. / Friesen, J.A. / Sankar, S. / Kent, C. / Ludwig, M.L.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase. Structural changes induced by binding of CDP-glycerol and the role of lysine residues in catalysis
著者: Pattridge, K.A. / Weber, C.H. / Friesen, J.A. / Sanker, S. / Kent, C. / Ludwig, M.L.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: A prototypical cytidylyltransferase: CTP:glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase from Bacillus subtilis
著者: Weber, C.H. / Park, Y.S. / Sanker, S. / Kent, C. / Ludwig, M.L.
履歴
登録2002年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase
B: glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase
C: glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase
D: glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,37911
ポリマ－61,1824
非ポリマー2,1977
水3,045169
1
A: glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase
B: glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7386
ポリマ－30,5912
非ポリマー1,1474
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4410 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area11870 Å2
手法PISA
2
C: glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase
D: glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6425
ポリマ－30,5912
非ポリマー1,0513
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area11760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.795, 55.929, 63.701
Angle α, β, γ (deg.)88.99, 75.03, 82.54
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase / GCT / CDP-glycerol pyrophosphorylase / Teichoic acid biosynthesis protein D


分子量: 15295.539 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: P27623, glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-C2G / [CYTIDINE-5'-PHOSPHATE] GLYCERYLPHOSPHORIC ACID ESTER / CYTIDINE 5'-DIPHOSPHOGLYCEROL / シチジン二りん酸グリセロ-ル


分子量: 477.255 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H21N3O13P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 3350, lithium sulfate, Tris, EDTA, DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
2100 mMTris1droppH8.5
31 mMEDTA1drop
41 mMdithiothreitol1drop
55-10 mMCDP-glycerol1drop
630 %PEG33501reservoir
7200 mM1reservoirLi2SO4
8100 mMTris1reservoirpH8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 140 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→99 Å / Num. all: 40625 / Num. obs: 40625 / % possible obs: 87.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.87 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Rsym value: 0.191 / % possible all: 82.1
反射
*PLUS
Num. obs: 40610 / Num. measured all: 121437 / Rmerge(I) obs: 0.051
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / % possible obs: 82.1 % / Rmerge(I) obs: 0.191

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
CNS精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1COZ

1coz


解像度: 2→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2944 3031 -RANDOM
Rwork0.2409 ---
all0.2463 30174 --
obs0.2463 30174 89.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 12.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.52 Å21.615 Å20.764 Å2
2--1.537 Å2-0.254 Å2
3----0.017 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4248 0 135 169 4552
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0075
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.317
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.21
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.783
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.342
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.9141.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.4672.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1432.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2cdg.paramcdg.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. reflection obs: 40610 / Num. reflection Rfree: 2032
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.21
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.783

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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