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万見
- PDB-1mwh: REOVIRUS POLYMERASE LAMBDA3 BOUND TO MRNA CAP ANALOG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mwh
タイトルREOVIRUS POLYMERASE LAMBDA3 BOUND TO MRNA CAP ANALOG
要素MINOR CORE PROTEIN LAMBDA 3
キーワードVIRAL PROTEIN / polymerase / polymerase-cap analog complex / right hand configuration
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome replication / viral nucleocapsid / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase lambda-3 / RNA-directed RNA polymerase lambda-3 / Reovirus RNA-dependent RNA polymerase lambda 3 / Reovirus RNA-dependent RNA polymerase lambda 3 / RNA-directed RNA polymerase, reovirus / RdRp of Reoviridae dsRNA viruses catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-GUANOSINE / : / RNA-directed RNA polymerase lambda-3 / RNA-directed RNA polymerase lambda-3
類似検索 - 構成要素
生物種Reovirus sp. (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Tao, Y. / Farsetta, D.L. / Nibert, M.L. / Harrison, S.C.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2002
タイトル: RNA Synthesis in a Cage-Structural Studies of Reovirus Polymerase lambda3
著者: Tao, Y. / Farsetta, D.L. / Nibert, M.L. / Harrison, S.C.
履歴
登録2002年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MINOR CORE PROTEIN LAMBDA 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,2823
ポリマ－142,4241
非ポリマー8582
水12,088671
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.891, 84.944, 249.246
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MINOR CORE PROTEIN LAMBDA 3


分子量: 142423.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Reovirus sp. (ウイルス) / 遺伝子: L1 / 細胞株 (発現宿主): SF21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P17378, UniProt: P0CK31*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-GTG / 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-GUANOSINE / MRNA CAP ANALOG N7-METHYL GPPPG / 7-メチルGp3G


分子量: 803.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N10O18P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 671 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: PEG4000, sodium chloride, HEPES, glycerol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
18.7 mg/mlprotein1drop
250 mMsodium HEPES1droppH7.8
310 %glycerol1drop
4150 mM1dropNaCl
510 mMdithiothreitol1drop
60.02 %1dropNaN3
77.5 %PEG80001reservoir
810 %glycerol1reservoir
90.1 Msodium HEPES1reservoirpH7.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→49.88 Å / Num. all: 53049 / Num. obs: 49606 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 42.5 Å2 / Limit h max: 28 / Limit h min: 0 / Limit k max: 34 / Limit k min: 0 / Limit l max: 99 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 2281469.39 / Observed criterion F min: 19.9 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4223 / % possible all: 81.7
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 5-6 / Rmerge(I) obs: 0.088
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80.8 % / Rmerge(I) obs: 0.404

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: reovirus polymerase 1MUK

1muk


解像度: 2.5→49.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 2636 5.3 %same set of reflections as used in refining the native lambda3 structure
Rwork0.209 ---
all0.243 53069 --
obs0.243 49423 93.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 33.302 Å2 / ksol: 0.364169 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 98.19 Å2 / Biso mean: 33.69 Å2 / Biso min: 12.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20 Å2
2--0.15 Å20 Å2
3----0.06 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.31 Å
Luzzati d res high-2.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9930 0 53 671 10654
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg22.2
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg1.1
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.5-2.610.2851552.40.28650710.0236524522680.1
2.61-2.750.2442313.50.24554920.0166569572387.1
2.75-2.920.2322724.10.23356830.0146572595590.6
2.92-3.150.2243625.50.22456820.0126562604492.1
3.15-3.470.2074056.10.20758480.016589625394.9
3.47-3.970.1984126.20.19761650.016643657799
3.97-50.173945.90.16963070.00967046701100
5-49.880.2184055.80.21965390.0116956694499.8
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4mgp.parmgp.top
X-RAY DIFFRACTION5ion.paramion.top
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 30 Å / Rfactor Rfree: 0.252 / Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.719

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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