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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mbb | ||||||
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タイトル | OXIDOREDUCTASE | ||||||
要素 | URIDINE DIPHOSPHO-N-ACETYLENOLPYRUVYLGLUCOSAMINE REDUCTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / FLAVOENZYME | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UDP-N-acetylmuramate dehydrogenase / UDP-N-acetylmuramate dehydrogenase activity / peptidoglycan biosynthetic process / FAD binding / cell wall organization / flavin adenine dinucleotide binding / regulation of cell shape / cell division / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Benson, T.E. / Lees, W.J. / Walsh, C.T. / Hogle, J.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: (E)-enolbutyryl-UDP-N-acetylglucosamine as a mechanistic probe of UDP-N-acetylenolpyruvylglucosamine reductase (MurB). 著者: Lees, W.J. / Benson, T.E. / Hogle, J.M. / Walsh, C.T. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995 タイトル: An Enzyme-Substrate Complex Involved in Bacterial Cell Wall Biosynthesis 著者: Benson, T.E. / Filman, D.J. / Walsh, C.T. / Hogle, J.M. #2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Studies of Udp-N-Acetyl Enolpyruvylglucosamine Reductase 著者: Benson, T.E. / Walsh, C.T. / Hogle, J.M. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993 タイトル: Overexpression, Purification, and Mechanistic Study of Udp-N-Acetylenolpyruvylglucosamine Reductase 著者: Benson, T.E. / Marquardt, J.L. / Marquardt, A.C. / Etzkorn, F.A. / Walsh, C.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mbb.cif.gz | 84.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mbb.ent.gz | 62.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mbb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1mbb_validation.pdf.gz | 544.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1mbb_full_validation.pdf.gz | 556.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1mbb_validation.xml.gz | 10.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1mbb_validation.cif.gz | 15.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/1mbb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/1mbb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37891.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: (E)-ENOLBUTRYRL-UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE, BOUND FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE, PH 8.0 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: AB1157 (ATCC) / 参照: UniProt: P08373, EC: 1.1.1.158 |
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#2: 化合物 | ChemComp-EEB / |
#3: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | THE SECONDARY STRUCTURE ASSIGNMENT IN THIS PDB ENTRY REFLECTS THE RESULTS OF AN AUTOMATED PROCEDURE. ...THE SECONDARY STRUCTURE ASSIGNMENT |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.54 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→12 Å / Num. obs: 14935 / % possible obs: 94.9 % |
反射 | *PLUS Num. measured all: 52502 / Rmerge(I) obs: 0.072 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→12 Å / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→12 Å
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拘束条件 |
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