[日本語] English
万見
- PDB-1m4n: CRYSTAL STRUCTURE OF APPLE ACC SYNTHASE IN COMPLEX WITH [2-(AMINO... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m4n
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF APPLE ACC SYNTHASE IN COMPLEX WITH [2-(AMINO-OXY)ETHYL](5'-DEOXYADENOSIN-5'-YL)(METHYL)SULFONIUM
要素1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase
キーワードLYASE / Fruit ripening / Ethylene biosynthesis / Pyridoxal phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-NH2に対し酸化酵素として働く / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase activity / fruit ripening / ethylene biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...: / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AAD / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Malus x domestica (リンゴ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Capitani, G. / Eliot, A.C. / Gut, H. / Khomutov, R.M. / Kirsch, J.F. / Grutter, M.G.
引用ジャーナル: BIOCHEM.BIOPHYS.ACTA PROTEINS & PROTEOMICS / 年: 2003
タイトル: Structure of 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase in complex with an amino-oxy analogue of the substrate: implications for substrate binding.
著者: Capitani, G. / Eliot, A.C. / Gut, H. / Khomutov, R.M. / Kirsch, J.F. / Grutter, M.G.
履歴
登録2002年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8924
ポリマ－49,0921
非ポリマー8003
水5,188288
1
A: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子

A: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,7838
ポリマ－98,1842
非ポリマー1,6006
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area8910 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area30600 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)105.00, 61.33, 76.94
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.48, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-813-

HOH

21A-817-

HOH

31A-838-

HOH

詳細The biological assembly is a dimer

-
要素

#1: タンパク質 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase / ACC Synthase


分子量: 49091.797 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-435 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Malus x domestica (リンゴ) / 組織: FRUIT CORTICAL / プラスミド: pET19b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: P37821, 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-AAD / (2-AMINOOXY-ETHYL)-[5-(6-AMINO-PURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-TETRAHYDRO-FURAN-2-YLMETHYL]-METHYL-SULFONIUM / 5'-[[2-(AMINOOXY)ETHYL]METHYLSULFONIO]-5'-DEOXY-ADENOSINE / [2-(AMINO-OXY)ETHYL](5'-DEOXYADENOSIN-5'-YL)(METHYL)SULFONIUM


分子量: 357.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H21N6O4S
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MPD, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 7.9
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
210 mMAMA1drop
350 mMHEPES1droppH7.9
410000 nmPLP1drop
51 mMdithiothreitol1drop
630 %(v/v)MPD1reservoir
750 mMMES1reservoirpH6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年4月30日 / 詳細: double focussing mirrors (Prophysics)
放射モノクロメーター: MIRRORS (PROPHYSICS) + Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→23.77 Å / Num. obs: 26106 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 23.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.01→2.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1185 / % possible all: 66.5
反射
*PLUS
最低解像度: 24 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 66.5 % / Rmerge(I) obs: 0.29

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1B8G

1b8g


解像度: 2.01→23.77 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used bulk solvent correction (CNS 1.0)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 704 2.7 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs-26106 96.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.231 Å20 Å23.166 Å2
2---2.25 Å20 Å2
3---2.481 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→23.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3338 0 51 288 3677
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.67
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.08 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 59 -
Rwork0.347 1857 -
obs-1857 68.5 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 24 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.67
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.06 Å

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る