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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ln3 | ||||||
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タイトル | Structure of Human Phosphatidylcholine Transfer Protein in Complex with Palmitoyl-Linoleoyl Phosphatidylcholine (Seleno-Met Protein) | ||||||
![]() | Phosphatidylcholine transfer protein | ||||||
![]() | LIPID BINDING PROTEIN / START Domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphatidylcholine transporter activity / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / phosphatidylcholine binding / phospholipid transport / negative regulation of cold-induced thermogenesis / lipid transport / Synthesis of PC / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Roderick, S.L. / Chan, W.W. / Agate, D.S. / Olsen, L.R. / Vetting, M.W. / Rajashankar, K.R. / Cohen, D.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of human phosphatidylcholine transfer protein in complex with its ligand. 著者: Roderick, S.L. / Chan, W.W. / Agate, D.S. / Olsen, L.R. / Vetting, M.W. / Rajashankar, K.R. / Cohen, D.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 95 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 79.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer. Two monomers are related by approximately (1/2,1/2,1/2). |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25199.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.85 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: sodium formate, sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5.7 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年7月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→27.5 Å / Num. all: 17846 / Num. obs: 17846 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å / % possible all: 88 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.9 Å / Num. measured all: 60811 / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 83.6 % / Rmerge(I) obs: 0.19 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 27.0871 Å2 / ksol: 0.356755 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.44 Å / Luzzati sigma a free: 0.65 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→27.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 2.9 Å / Total num. of bins used: 6 /
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.226 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 3.08 Å / Rfactor Rfree: 0.361 / Rfactor Rwork: 0.279 |