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- PDB-1lej: NMR Structure of a 1:1 Complex of Polyamide (Im-Py-Beta-Im-Beta-I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lej
タイトルNMR Structure of a 1:1 Complex of Polyamide (Im-Py-Beta-Im-Beta-Im-Py-Beta-Dp) with the Tridecamer DNA Duplex 5'-CCAAAGAGAAGCG-3'
要素
  • 5'-D(*CP*CP*AP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*TP*GP*G)-3'
キーワードDNA / POLYAMIDE / PURINE TRACT / BETA ALANINE / MINOR GROOVE
機能・相同性Chem-P11 / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / restrained molecular dynamics, simulated annealing, matrix relaxation, NOE-derived distance restraints.
データ登録者Urbach, A.R. / Love, J.J. / Ross, S.A. / Dervan, P.B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Structure of a beta-alanine-linked polyamide bound to a full helical turn of purine tract DNA in the 1:1 motif.
著者: Urbach, A.R. / Love, J.J. / Ross, S.A. / Dervan, P.B.
履歴
登録2002年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*CP*AP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*TP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8583
ポリマ－7,9432
非ポリマー9151
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)11 / 40structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*AP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*G)-3'


分子量: 4018.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence was designed and synthesized for this study.
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*TP*GP*G)-3'


分子量: 3924.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence was designed and synthesized for this study.
#3: 化合物 ChemComp-P11 / IMIDAZOLE-PYRROLE-BETA ALANINE-IMIDAZOLE-BETA ALANINE-IMIDAZOLE-PYRROLE-BETA ALANINE-DIMETHYLAMINO PROPYLAMIDE


分子量: 914.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H56N17O8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 2D NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

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試料調製

詳細内容: 3.67 millimolar polyamide-DNA complex, 10 millimolar sodium phosphate, pH 7.0, 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 10 Millimolar / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1 BVarian Associates, Inc.collection
NMRPipe1Delalgio, grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer, & Bax解析
NMRView4.1.2Johnson, & Blevinsデータ解析
MARDIGRAS3.2Borgias, & Jamesiterative matrix relaxation
Amber6Kollman, Case, Merz, Cheatham, Simmerling, Darden, Pearlman, Caldwell, Ross, Ferguson, Seibel, Singh, & Weiner構造決定
SANDER MODULE OF AMBER 6.0 PACKAGE (2000)Kollman, Case, Merz, Cheatham, Simmerling, Darden, Pearlman, Caldwell, Ross, Ferguson, Seibel, Singh, & Weiner精密化
精密化手法: restrained molecular dynamics, simulated annealing, matrix relaxation, NOE-derived distance restraints.
ソフトェア番号: 1
詳細: The structure calculations used 548 distance restraints. 508 were NOE-derived, and 40 were for Watson-Crick hydrogen bonds.
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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