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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lco | ||||||
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タイトル | X-RAY STRUCTURE OF TWO COMPLEXES OF THE Y143F FLAVOCYTOCHROME B2 MUTANT CRYSTALLIZED IN THE PRESENCE OF LACTATE OR PHENYL-LACTATE | ||||||
要素 | L-LACTATE DEHYDROGENASE | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-lactate dehydrogenase (cytochrome) / L-lactate dehydrogenase (cytochrome) activity / lactate metabolic process / : / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane / heme binding / mitochondrion / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Tegoni, M. / Cambillau, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995 タイトル: X-ray structure of two complexes of the Y143F flavocytochrome b2 mutant crystallized in the presence of lactate or phenyl lactate. 著者: Tegoni, M. / Begotti, S. / Cambillau, C. #1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994 タイトル: The 2.6-Angstroms Refined Structure of the Escherichia Coli Recombinant Saccharomyces Cerevisiae Flavocytochrome B2-Sulfite Complex 著者: Tegoni, M. / Cambillau, C. #2: ジャーナル: Biochimie / 年: 1994 タイトル: Structural Studies on Recombinant and Point Mutants of Flavocytochrome B2 著者: Tegoni, M. / Cambillau, C. #3: ジャーナル: Proteins / 年: 1993 タイトル: A Hypothetical Complex between Crystalline Flavocytochrome B2 and Cytochrome C 著者: Tegoni, M. / White, S.A. / Roussel, A. / Mathews, F.S. / Cambillau, C. #4: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1992 タイトル: Tyr-143 Facilitates Interdomain Electron Transfer in Flavocytochrome B2 著者: Miles, C.S. / Rouviere-Fourmy, N. / Lederer, F. / Mathews, F.S. / Reid, G.A. / Black, M.T. / Chapman, S.K. #5: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1989 タイトル: High-Level Expression of Fully Active Yeast Cytochrome B2 in Escherichia Coli 著者: Black, M.T. / White, S.A. / Reid, G. / Chapman, S.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lco.cif.gz | 228.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lco.ent.gz | 182.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lco.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1lco_validation.pdf.gz | 634.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1lco_full_validation.pdf.gz | 687.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1lco_validation.xml.gz | 26.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1lco_validation.cif.gz | 37.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/1lco ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/1lco | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: ASP A 150 - GLU A 151 OMEGA = 147.62 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION | ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.260408, 0.466779, 0.845166), ベクター: 詳細 | MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 A 102 .. A 296 B 102 .. B 296 2.079 M1 A 321 .. A 511 B 321 .. B 511 2.357 | |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56647.898 Da / 分子数: 2 / 変異: TYR 143 PHE / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: PGR / プラスミド: PGR 401 / 遺伝子 (発現宿主): PGR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MM294 参照: UniProt: P00175, L-lactate dehydrogenase (cytochrome) #2: 化合物 | ChemComp-HEM / | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.68 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 Å |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年1月8日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 35569 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.13 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 100 Å / Num. measured all: 263169 / Rmerge(I) obs: 0.13 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.9→6 Å / σ(F): 1 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 3.5 |