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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1l6f | ||||||
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タイトル | Alanine racemase bound with N-(5'-phosphopyridoxyl)-L-alanine | ||||||
要素 | alanine racemase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / alanine racemase / reaction mechanism / N-(5'-phosphopyridoxyl)-alanine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alanine racemase / D-alanine biosynthetic process / alanine racemase activity / peptidoglycan biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Watanabe, A. / Yoshimura, T. / Mikami, B. / Hayashi, H. / Kagamiyama, H. / Esaki, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: Reaction mechanism of alanine racemase from Bacillus stearothermophilus: x-ray crystallographic studies of the enzyme bound with N-(5'-phosphopyridoxyl)alanine. 著者: Watanabe, A. / Yoshimura, T. / Mikami, B. / Hayashi, H. / Kagamiyama, H. / Esaki, N. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Determination of the structure of alanine racemase from Bacillus stearothermophilus at 1.9-A resolution 著者: Shaw, J.P. / Petsko, G.A. / Ringe, D. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Reaction of alanine racemase with 1-aminoethylphosphonic acid forms a stable external aldimine 著者: Stamper, G.F. / Morollo, A.A. / Ringe, D. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Structure of a Michaelis complex analogue: propionate binds in the substrate carboxylate site of alanine racemase 著者: Morollo, A.A. / Petsko, G.A. / Ringe, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1l6f.cif.gz | 168.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1l6f.ent.gz | 133.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1l6f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1l6f_validation.pdf.gz | 521 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1l6f_full_validation.pdf.gz | 531 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1l6f_validation.xml.gz | 17.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1l6f_validation.cif.gz | 27.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/1l6f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/1l6f | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43695.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) プラスミド: pAR310 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10724, alanine racemase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.55 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 4000, sodium acetate, Tris-buffer, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年9月15日 / 詳細: carbon monochrometer |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.93→43.1 Å / Num. all: 52427 / Num. obs: 52427 / % possible obs: 88.39 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 6.1 Å2 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 1.48 |
反射 シェル | 解像度: 1.929→1.998 Å / 冗長度: 1.82 % / Mean I/σ(I) obs: 1.48 / Num. unique all: 2412 / Rsym value: 0.476 / % possible all: 73.2 |
反射 | *PLUS % possible obs: 88.4 % / Num. measured all: 199015 / Rmerge(I) obs: 0.088 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1SFT 解像度: 2→7 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 493425.01 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 116.24 Å2 / ksol: 0.486264 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 20.88 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.26 |