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- PDB-1kci: Crystal Structure of 9-amino-N-[2-(4-morpholinyl)ethyl]-4-acridin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kci
タイトルCrystal Structure of 9-amino-N-[2-(4-morpholinyl)ethyl]-4-acridinecarboxamide Bound to d(CGTACG)2
要素5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
キーワードDNA / intercalator / aminoacridinecarboxamide
機能・相同性Chem-DRC / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / ISOMORPHOUS / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Adams, A. / Guss, J.M. / Denny, W.A. / Wakelin, L.P.G.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of 9-amino-N-[2-(4-morpholinyl)ethyl]-4-acridinecarboxamide bound to d(CGTACG)2: implications for structure-activity relationships of acridinecarboxamide topoisomerase poisons.
著者: Adams, A. / Guss, J.M. / Denny, W.A. / Wakelin, L.P.
履歴
登録2001年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,5103
ポリマ－1,8091
非ポリマー7012
水36020
1
A: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,0206
ポリマ－3,6182
非ポリマー1,4024
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.239, 30.239, 39.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-4009-

HOH

21A-4019-

HOH

31A-4020-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'


分子量: 1809.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-DRC / 9-AMINO-N-[2-(4-MORPHOLINYL)ETHYL]-4-ACRIDINECARBOXAMIDE / N-(2-モルホリノエチル)-9-アミノアクリジン-4-カルボアミド


分子量: 350.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.25 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: cacodylate, spermine, KCl, MgCl2, MPD, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1cacodylate11
2spermine11
3KCl11
4MgCl211
5MPD11
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mMsodium cacodylate1droppH6.0
20.6 mMDNA1dropduplex
31.2 mMligand1drop
46 mMspermine tetrahydrochloride1drop
540 mM1dropKCl
610 mM1dropMgCl2
75 %MPD1drop
860 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年8月1日 / 詳細: focusing mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. all: 1951 / Num. obs: 1951 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 195 / Rsym value: 0.35 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Num. obs: 1955 / Num. measured all: 30670 / Rmerge(I) obs: 0.094
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.351

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: ISOMORPHOUS
開始モデル: NDB entry DD0015

解像度: 1.8→40 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: Rfree / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: SHELX 2000 DNA dictioary
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.291 143 Random
Rwork0.215 --
all0.219 1931 -
obs0.219 1931 -
原子変位パラメータBiso mean: 28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 120 52 20 192
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 40 Å / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.0040.03
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.0120.05
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.0270.1
X-RAY DIFFRACTIONs_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONs_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONs_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONs_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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