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- PDB-1jzj: Pseudomonas aeruginosa Azurin Os(bpy)2(im)(His83) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jzj
タイトルPseudomonas aeruginosa Azurin Os(bpy)2(im)(His83)
要素azurin
キーワードELECTRON TRANSPORT / Blue-copper / electron transfer / tunneling / osmium
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Azurin / : / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / DELTA-BIS(2,2'-BIPYRIDINE)IMIDAZOLE OSMIUM (II) / TETRA(IMIDAZOLE)DIAQUACOPPER (II) / LAMBDA-BIS(2,2'-BIPYRIDINE)IMIDAZOLE OSMIUM (II) / Azurin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Crane, B.R. / Di Bilio, A.J. / Winkler, J.R. / Gray, H.B.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2001
タイトル: Electron tunneling in single crystals of Pseudomonas aeruginosa azurins.
著者: Crane, B.R. / Di Bilio, A.J. / Winkler, J.R. / Gray, H.B.
履歴
登録2001年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_database_remark / Item: _diffrn_source.type / _pdbx_database_remark.text
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN The osmium complex is BIS(2,2'-BIPYRIDINE)IMIDAZOLE OSMIUM (II) and is present in two ...HETEROGEN The osmium complex is BIS(2,2'-BIPYRIDINE)IMIDAZOLE OSMIUM (II) and is present in two enantiomeric conformations: delta, DOS, alternate conformation A, and lambda, LOS, alternate conformation B. For chain A, the DOS is residue number 903, and LOS is residue number 904. For chain B, the DOS is residue number 905, and LOS is residue number 906.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: azurin
B: azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,76110
ポリマ－27,9242
非ポリマー2,8378
水4,828268
1
A: azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5335
ポリマ－13,9621
非ポリマー1,5714
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2285
ポリマ－13,9621
非ポリマー1,2664
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: azurin
B: azurin
ヘテロ分子

A: azurin
B: azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,52220
ポリマ－55,8474
非ポリマー5,67416
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area7170 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area24120 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area12250 Å2
手法PISA
5
B: azurin
ヘテロ分子

B: azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,45610
ポリマ－27,9242
非ポリマー2,5338
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area1640 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area13470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.873, 54.873, 133.813
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-900-

CU

21A-1271-

HOH

詳細Biological Assembly is a monomer

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 azurin


分子量: 13961.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00282

-
非ポリマー , 5種, 276分子

#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-DOS / DELTA-BIS(2,2'-BIPYRIDINE)IMIDAZOLE OSMIUM (II)


分子量: 569.667 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H19N6Os
#4: 化合物 ChemComp-LOS / LAMBDA-BIS(2,2'-BIPYRIDINE)IMIDAZOLE OSMIUM (II)


分子量: 569.667 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H19N6Os
#5: 化合物 ChemComp-IME / TETRA(IMIDAZOLE)DIAQUACOPPER (II)


分子量: 367.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H16CuN8O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.92 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG, Imidazole, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120-30 mg/mlprotein1drop
240 mMimidazole1drop
32 mM1droppH7.2NaCl
4100 mMimidazole1reservoirpH6.0
5100 mM1reservoirLiNO3
66.25 mM1reservoirCuCl2
725-38 %PEG4000-80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月16日 / 詳細: osmic mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→25.4 Å / Num. all: 21988 / Num. obs: 21988 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 21.1 Å2 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 36
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 14.8 % / Num. unique all: 2065 / Rsym value: 0.169 / % possible all: 93.9
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Rmerge(I) obs: 0.072

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JZI

1jzi


解像度: 1.8→25.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 572477.63 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 1729 7.9 %RANDOM
Rwork0.222 ---
all-21988 --
obs-21988 97.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 24.0465 Å2 / ksol: 0.323076 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.52 Å2-0.68 Å20 Å2
2---1.52 Å20 Å2
3---3.04 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1975 0 146 268 2389
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.18
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.31.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it0.542
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.422
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it0.552.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 166 8 %
Rwork0.259 1919 -
obs--95.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19X.HEMEWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3OSA.PAROSA.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER.PARAMTOPH19X.HEME
X-RAY DIFFRACTION5OSB.PAROSB.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7.9 % / Rfactor obs: 0.222 / Rfactor Rfree: 0.26
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 21.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.18
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.31.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.422
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it0.542
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it0.552.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.287 / % reflection Rfree: 8 % / Rfactor Rwork: 0.259

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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