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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jyw | |||||||||
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タイトル | E. COLI (lacZ) BETA-GALACTOSIDASE (E537Q) IN COMPLEX WITH PNPG | |||||||||
要素 | Beta-Galactosidase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / TIM BARREL (ALPHA/BETA BARREL) / JELLY-ROLL BARREL / IMMUNOGLOBULIN / BETA SUPERSANDWICH | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alkali metal ion binding / lactose catabolic process / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate binding / magnesium ion binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | |||||||||
データ登録者 | Juers, D.H. / Matthews, B.W. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: A Structural View of the Action of Escherichia Coli (Lacz) Beta-Galactosidase 著者: Juers, D.H. / Heightman, T.D. / Vasella, A. / McCarter, J.D. / Mackenzie, L. / Withers, S.G. / Matthews, B.W. #1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000 タイトル: High Resolution Structure of Beta-Galactosidase in a New Crystal Form Reveals Multiple Metal-Binding Sites and Provides a Structural Basis for Alpha-Complementation 著者: Juers, D.H. / Jacobson, R.H. / Wigley, D. / Zhang, X.J. / Huber, R.E. / Tronrud, D.E. / Matthews, B.W. #2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999 タイトル: Structural Comparisons of Tim Barrel Proteins Suggest Functional and Evolutionary Relationships between Beta-Galactosidase and Other Glycohydrolases 著者: Juers, D.H. / Huber, R.E. / Matthews, B.W. #3: ジャーナル: Nature / 年: 1994 タイトル: Three-Dimensional Structure of Beta-Galactosidase from E. Coli 著者: Jacobson, R.H. / Zhang, X.J. / Dubose, R.F. / Matthews, B.W. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Crystallization of beta-galactosidase from Escherichia coli 著者: Jacobson, R.H. / Matthews, B.W. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jyw.cif.gz | 948 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jyw.ent.gz | 746.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jyw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1jyw_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1jyw_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1jyw_validation.xml.gz | 197 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1jyw_validation.cif.gz | 298.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/1jyw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/1jyw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1jynC 1jyvC 1jyxC 1jz2C 1jz3C 1jz4C 1jz5C 1jz6C 1jz7C 1jz8C 4v44C 4v45C 1dp0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 116505.281 Da / 分子数: 4 / 変異: E537Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: lacZ / プラスミド: pET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00722, beta-galactosidase #2: 糖 | ChemComp-147 / |
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-非ポリマー , 4種, 4602分子
#3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 化合物 | ChemComp-DMS / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Bis-Tris, PEG 8000, MgCl2, NaCl, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 288K, pH 6.50 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法詳細: used macroseeding, Juers, D.H., (2000) Protein Sci., 9, 1685. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.8984 / 波長: 0.8984 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年7月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8984 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→28.8 Å / Num. all: 715525 / Num. obs: 715525 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 14.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 95.8 |
反射 | *PLUS % possible obs: 98 % / Rmerge(I) obs: 0.042 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1DP0 解像度: 1.55→28.8 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: TNT
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET PRINCIPLE / Bsol: 225 Å2 / ksol: 0.83 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→28.8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Num. reflection Rfree: 10563 / % reflection Rfree: 1.5 % / Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rfree: 0.229 / Rfactor Rwork: 0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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