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万見
- PDB-1jxz: Structure of the H90Q mutant of 4-Chlorobenzoyl-Coenzyme A Dehalo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jxz
タイトルStructure of the H90Q mutant of 4-Chlorobenzoyl-Coenzyme A Dehalogenase complexed with 4-hydroxybenzoyl-Coenzyme A (product)
要素4-chlorobenzoyl Coenzyme A dehalogenase
キーワードHYDROLASE / dehalogenase / coenzyme-A
機能・相同性
機能・相同性情報


4-chlorobenzoyl-CoA dehalogenase / 4-chlorobenzoyl-CoA dehalogenase activity / coenzyme A metabolic process
類似検索 - 分子機能
Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-HYDROXYBENZOYL COENZYME A / PHOSPHATE ION / : / 4-chlorobenzoyl coenzyme A dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. CBS3 (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Thoden, J.B. / Zhang, W. / Wei, Y. / Luo, L. / Taylor, K.L. / Yang, G. / Dunaway-Mariano, D. / Benning, M.M. / Holden, H.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Histidine 90 Function in 4-chlorobenzoyl-coenzyme A Dehalogenase Catalysis
著者: Zhang, W. / Wei, Y. / Luo, L. / Taylor, K.L. / Yang, G. / Dunaway-Mariano, D. / Benning, M.M. / Holden, H.M.
履歴
登録2001年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年1月31日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / Item: _diffrn.ambient_temp
改定 1.52021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-chlorobenzoyl Coenzyme A dehalogenase
B: 4-chlorobenzoyl Coenzyme A dehalogenase
C: 4-chlorobenzoyl Coenzyme A dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,54310
ポリマ－89,6653
非ポリマー2,8787
水14,340796
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18020 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area26810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.100, 102.700, 90.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 4-chlorobenzoyl Coenzyme A dehalogenase / 4-chlorobenzoate dehalogenase


分子量: 29888.453 Da / 分子数: 3 / 変異: H90Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas sp. CBS3 (バクテリア)
株: CBS-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: PIR: 419529, UniProt: A5JTM5*PLUS, EC: 3.8.1.6
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-BCA / 4-HYDROXYBENZOYL COENZYME A / p-ヒドロキシベンゾイルCoA


分子量: 887.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H40N7O18P3S
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 796 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.17 %
結晶化温度: 270 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: PEG-8000, potassium chloride, CHES, 4-hydroxybenzoyl coenzyme A, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 270K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 9 / 手法: batch method
詳細: used to seeding, Benning, M.M., (1996) Biochemistry, 35, 8103.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18 %PEG800011
2200 mMpotassium chloride11
350 mMCHES11
45 mM11NaN3

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 69849 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.99 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.216 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / % possible all: 78

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解析

ソフトウェア
名称分類
FRAMBOデータ収集
XDSデータ削減
TNT精密化
XDSデータスケーリング
TNT位相決定
精密化解像度: 1.9→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: engh & huber
Rfactor反射数%反射
Rwork0.195 --
all-69849 -
obs-69849 88 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6236 0 167 796 7199
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.277
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d15.11
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.007
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.008

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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