ソフトウェア | 名称 | 分類 |
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DENZO | データ削減 | SCALEPACK | データスケーリング | CNS | 精密化 | CNS | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB entry 2KCE 解像度: 2.7→29.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1797097.09 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.25 | 1155 | 6.9 % | RANDOM |
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Rwork | 0.218 | - | - | - |
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obs | 0.22 | 16719 | 99.5 % | - |
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all | - | 16719 | - | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 28.6405 Å2 / ksol: 0.365014 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.8 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.67 Å2 | -1.4 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -0.67 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 1.34 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.39 Å | 0.32 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.5 Å | 0.4 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.59 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 4306 | 0 | 98 | 82 | 4486 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.009 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.8 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d25.2 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d1.17 | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.359 | 183 | 6.6 % |
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Rwork | 0.297 | 2571 | - |
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obs | - | - | 99.4 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | DUMP_LY338529.PARAMDUMP_LY338529.TOPOX-RAY DIFFRACTION | 4 | FORM.PARAMFORM.TOPO | | | | | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 6.9 % / Rfactor obs: 0.22 / Rfactor Rfree: 0.25 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 30.8 Å2 |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.8 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg25.2 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg1.17 | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.359 / % reflection Rfree: 6.6 % / Rfactor Rwork: 0.297 |
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