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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jgm | |||||||||
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タイトル | High Resolution Structure of the Cadmium-containing Phosphotriesterase from Pseudomonas diminuta | |||||||||
要素 | Phosphotriesterase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / PTE / Cadmium | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aryldialkylphosphatase / aryldialkylphosphatase activity / catabolic process / zinc ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Brevundimonas diminuta (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Benning, M.M. / Shim, H. / Raushel, F.M. / Holden, H.M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: High resolution X-ray structures of different metal-substituted forms of phosphotriesterase from Pseudomonas diminuta. 著者: Benning, M.M. / Shim, H. / Raushel, F.M. / Holden, H.M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jgm.cif.gz | 159.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jgm.ent.gz | 129.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jgm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/1jgm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/1jgm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological asembly is a dimer that is described by chains A & B in the asymmetric unit |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 36375.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Brevundimonas diminuta (バクテリア) 遺伝子: OPD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A434, aryldialkylphosphatase |
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-非ポリマー , 5種, 776分子
#2: 化合物 | ChemComp-CD / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.7 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: batch/microseeding / pH: 9 詳細: PEG-8000, sodium chloride, phenylethyl alcohol, diethyl-4-methylbenzylphosphate, CHES, pH 9, Batch/microseeding, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 9 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Benning, M.M., (1995) Biochemistry, 34, 7973. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.71 Å |
検出器 | タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月17日 |
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.71 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→30 Å / Num. all: 187426 / Num. obs: 187426 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 32 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.184 / % possible all: 99 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 1231444 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.3→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor all: 0.204 / Rfactor Rwork: 0.202 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_angle_deg / Dev ideal: 2.1 |