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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jct | ||||||
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タイトル | Glucarate Dehydratase, N341L mutant Orthorhombic Form | ||||||
要素 | Glucarate Dehydratase | ||||||
キーワード | LYASE / alpha/beta barrel / Enolase superfamily | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucarate dehydratase activity / D-glucarate catabolic process / glucarate dehydratase / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å | ||||||
データ登録者 | Gulick, A.M. / Hubbard, B.K. / Gerlt, J.A. / Rayment, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: Evolution of enzymatic activities in the enolase superfamily: identification of the general acid catalyst in the active site of D-glucarate dehydratase from Escherichia coli. 著者: Gulick, A.M. / Hubbard, B.K. / Gerlt, J.A. / Rayment, I. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: Evolution of Enzymatic Active Sites in the Enolase Superfamily: crystallographic and mutagenesis studies of the reaction catalyzed by D-glucarate dehydratase from Escherichia coli. 著者: Gulick, A.M. / Hubbard, B.K. / Gerlt, J.A. / Rayment, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jct.cif.gz | 179.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jct.ent.gz | 142.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jct.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1jct_validation.pdf.gz | 467.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1jct_full_validation.pdf.gz | 496.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1jct_validation.xml.gz | 37.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1jct_validation.cif.gz | 49.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/1jct ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/1jct | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49195.910 Da / 分子数: 2 / 変異: N341L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P76637, UniProt: P0AES2*PLUS, glucarate dehydratase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.64 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Peg5000 monomethylether, 50 mM MgCl, 5% isopropanol, 50 mM HEPPS, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: batch method / 詳細: used macroseeding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月23日 |
放射 | モノクロメーター: 0.1 mm / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→30 Å / Num. all: 27057 / Num. obs: 24649 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 68.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.394 / % possible all: 93.5 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 100153 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1EC8 解像度: 2.75→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 55 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.75→2.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.03
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.213 | |||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 55 Å2 | |||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.449 / Rfactor Rwork: 0.347 |