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- PDB-1ini: CRYSTAL STRUCTURE OF 4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2-C-METHYLERYTHRITOL (CDP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ini
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF 4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2-C-METHYLERYTHRITOL (CDP-ME) SYNTHETASE (YGBP) INVOLVED IN MEVALONATE INDEPENDENT ISOPRENOID BIOSYNTHESIS, COMPLEXED WITH CDP-ME AND MG2+
要素4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2-C-METHYLERYTHRITOL SYNTHETASE
キーワードTRANSFERASE / YGBP / CYTIDYLYLTRANSFERASE / DEOXYXYLULOSE-5-PHOSPHATE PATHWAY (DXP) / ISOPRENOID BIOSYNTHESIS / CDPME / MG
機能・相同性
機能・相同性情報


2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / magnesium ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / : / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase, conserved site / Cytidylyltransferase IspD/TarI / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase signature. / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Richard, S.B. / Bowman, M.E. / Kwiatkowski, W. / Kang, I. / Chow, C. / Lillo, A. / Cane, D.E. / Noel, J.P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structure of 4-diphosphocytidyl-2-C- methylerythritol synthetase involved in mevalonate- independent isoprenoid biosynthesis.
著者: Richard, S.B. / Bowman, M.E. / Kwiatkowski, W. / Kang, I. / Chow, C. / Lillo, A.M. / Cane, D.E. / Noel, J.P.
履歴
登録2001年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2-C-METHYLERYTHRITOL SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3183
ポリマ－25,7721
非ポリマー5462
水1,856103
1
A: 4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2-C-METHYLERYTHRITOL SYNTHETASE
ヘテロ分子

A: 4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2-C-METHYLERYTHRITOL SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6366
ポリマ－51,5452
非ポリマー1,0914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area6320 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area18520 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)129.990, 46.764, 38.387
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.64, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2-C-METHYLERYTHRITOL SYNTHETASE


分子量: 25772.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ISPD / プラスミド: PHIS8 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q46893, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CDM / 4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL / シチジン5′-二りん酸β-[(2R,3S)-2,3,4-トリヒドロキシ-3-メチルブチル]


分子量: 521.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H25N3O14P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.58 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8000, CALCIUM ACETATE, MAGNESIUM CHLORIDE, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.773 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年1月13日
詳細: flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(311) bent monochromator (horizontal focusing)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.773 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→90 Å / Num. all: 20268 / Num. obs: 20268 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 21.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.026 / Rsym value: 0.026 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 1.81→1.83 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 641 / Rsym value: 0.308 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1I52

1i52


解像度: 1.82→44 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 2293940.68 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 866 5.1 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.222 17144 82.9 %-
all-17144 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.77 Å2 / ksol: 0.3689 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.95 Å20 Å2-1.83 Å2
2--5 Å20 Å2
3---2.95 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1716 0 34 103 1853
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.31.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.32
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.642
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.842.5
LS精密化 シェル解像度: 1.82→1.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 92 4.6 %
Rwork0.239 1894 -
obs-1894 57.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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