+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ikt | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | LIGANDED STEROL CARRIER PROTEIN TYPE 2 (SCP-2) LIKE DOMAIN OF HUMAN MULTIFUNCTIONAL ENZYME TYPE 2 (MFE-2) | ||||||
要素 | ESTRADIOL 17 BETA-DEHYDROGENASE 4 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / alfa-beta fold / protein-Triton X-100 complex / hydrophobic tunnel / exposed peroxisomal targeting signal type 1 (PTS1) | ||||||
機能・相同性 | SCP-2 sterol transfer family / SCP2 sterol-binding domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Haapalainen, A.M. / van Aalten, D.M.F. / Glumoff, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of the liganded SCP-2-like domain of human peroxisomal multifunctional enzyme type 2 at 1.75 A resolution. 著者: Haapalainen, A.M. / van Aalten, D.M. / Merilainen, G. / Jalonen, J.E. / Pirila, P. / Wierenga, R.K. / Hiltunen, J.K. / Glumoff, T. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ikt.cif.gz | 40.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1ikt.ent.gz | 26.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ikt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ikt_validation.pdf.gz | 631.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1ikt_full_validation.pdf.gz | 632.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ikt_validation.xml.gz | 8.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ikt_validation.cif.gz | 11.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/1ikt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/1ikt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1c44S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13264.468 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain, Residues 618-736 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSD17B4 / プラスミド: pET3D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: P51659, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-OXN / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: ammonium sulfate, sodium chloride, Triton X-100, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9785 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月16日 / 詳細: Premirror, Bent mirror monochromator |
放射 | モノクロメーター: Double crystal focussing monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→20 Å / Num. all: 11659 / Num. obs: 11659 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Rsym value: 0.031 / Net I/σ(I): 27.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / Rmerge(I) obs: 0.259 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 1132 / Rsym value: 0.259 / % possible all: 97.1 |
反射 | *PLUS |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.1 % / Num. unique obs: 1132 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1C44 解像度: 1.75→18 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: R-free / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→18 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.82 Å / Total num. of bins used: 9
| |||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 18 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.2 % / Rfactor obs: 0.192 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 30.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.278 / % reflection Rfree: 4.7 % / Rfactor Rwork: 0.225 |