ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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DENZO | | データ削減 | SCALA | | データスケーリング | AMoRE | | 位相決定 | CNS | 1 | 精密化 | CCP4 | (SCALA)データスケーリング | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: VHH52 anti-R1 unliganded 解像度: 1.95→18.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 2310814.65 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.266 | 1194 | 8 % | RANDOM |
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Rwork | 0.232 | - | - | - |
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obs | 0.232 | 15003 | 99.3 % | - |
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all | - | 0 | - | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.87 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 32.2 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 5.94 Å2 | 5.75 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 5.94 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -11.87 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.32 Å | 0.27 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.27 Å | 0.23 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→18.5 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 977 | 0 | 45 | 164 | 1186 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.007 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.5 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d24.6 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.71 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.24 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.11 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it1.67 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it2.38 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.305 | 133 | 9.2 % |
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Rwork | 0.29 | 1319 | - |
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obs | - | 0 | 54.4 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | RR1_240399.PARAMRR1_240399.TOPX-RAY DIFFRACTION | 4 | SO4.PARAMSO4.TOP | | | | | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 8 % |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 32.2 Å2 |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.5 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg24.6 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.71 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it | 2.5 | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.305 / % reflection Rfree: 9.2 % / Rfactor Rwork: 0.29 |
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