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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hpg | ||||||
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タイトル | A glutamic acid specific serine protease utilizes a novel histidine triad in substrate binding | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / SERINE PROTEASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() glutamyl endopeptidase II / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type endopeptidase activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Nienaber, V.L. / Birktoft, J.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A glutamic acid specific serine protease utilizes a novel histidine triad in substrate binding. 著者: Nienaber, V.L. / Breddam, K. / Birktoft, J.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 45.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 367.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 366.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: SER A 79 - GLY A 80 OMEGA = 320.79 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 2: CIS PROLINE - PRO A 99 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18279.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: sprE 参照: UniProt: Q54211, UniProt: Q07006*PLUS, glutamyl endopeptidase II |
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#2: タンパク質・ペプチド | |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | HOH 401 FITS THE CRITERIA OF A SODIUM ATOM BUT WAS REFINED AS AN ORDERED SOLVENT. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.3 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 22913 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Num. all: 13006 / Num. measured all: 90655 / Rmerge(I) obs: 0.083 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.181 / Rfactor obs: 0.181 / 最高解像度: 1.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.5 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Rfactor obs: 0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 3.18 |