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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hnv | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF HIV-1 RT(SLASH)TIBO R 86183 COMPLEX REVEALS SIMILARITY IN THE BINDING OF DIVERSE NONNUCLEOSIDE INHIBITORS | ||||||
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![]() | NUCLEOTIDYLTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Das, K. / Ding, J. / Arnold, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of HIV-1 RT/TIBO R 86183 complex reveals similarity in the binding of diverse nonnucleoside inhibitors. 著者: Ding, J. / Das, K. / Moereels, H. / Koymans, L. / Andries, K. / Janssen, P.A. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #1: ![]() タイトル: Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in a Complex with the Nonnucleoside Inhibitor Alpha-Apa R95845 at 2.8 Angstroms Resolution 著者: Ding, J. / Das, K. / Tantillo, C. / Zhang, W. / Clark Junior, A.D. / Jessen, S. / Lu, X. / Hsiou, Y. / Jacobo-Molina, A. / Andries, K. / Pauwels, R. / Moereels, H. / Koymans, L. / Janssen, P. ...著者: Ding, J. / Das, K. / Tantillo, C. / Zhang, W. / Clark Junior, A.D. / Jessen, S. / Lu, X. / Hsiou, Y. / Jacobo-Molina, A. / Andries, K. / Pauwels, R. / Moereels, H. / Koymans, L. / Janssen, P.A.J. / Smith Junior, R.H. / Koepke, M.K. / Michejda, C.J. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #2: ![]() タイトル: Buried Surface Analysis of HIV-1 Reverse Transcriptase P66(Slash)P51 Heterodimer and its Interaction with DsDNA Template(Slash)Primer 著者: Ding, J. / Jacobo-Molina, A. / Tantillo, C. / Lu, X. / Nanni, R.G. / Arnold, E. #3: ![]() タイトル: Locations of Anti-Aids Drug Binding Sites and Resistance Mutations in the Three-Dimensional Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase: Implications for Mechanisms of Drug Inhibition and Resistance 著者: Tantillo, C. / Ding, J. / Jacobo-Molina, A. / Nanni, R.G. / Boyer, P.L. / Hughes, S.H. / Pauwels, R. / Andries, K. / Janssen, P.A.J. / Arnold, E. #4: ![]() タイトル: Crystal Structure of Human Immunodeficiency Virus Type 1 Reverse Transcriptase Complexed with Double-Stranded DNA at 3.0 Angstroms Resolution Shows Bent DNA 著者: Jacobo-Molina, A. / Ding, J. / Nanni, R.G. / Clark Junior, A.D. / Lu, X. / Tantillo, C. / Williams, R.L. / Kamer, G. / Ferris, A.L. / Clark, P. / Hizi, A. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #5: ![]() タイトル: Review of HIV-1 Reverse Transcriptase Three-Dimensional Structure: Implications for Drug Design 著者: Nanni, R.G. / Ding, J. / Jacobo-Molina, A. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #6: ![]() タイトル: Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase(Slash)DNA Complex at 7 Angstroms Resolution Showing Active Site Locations 著者: Arnold, E. / Jacobo-Molina, A. / Nanni, R.G. / Williams, R.L. / Lu, X. / Ding, J. / Clark Junior, A.D. / Zhang, A. / Ferris, A.L. / Clark, P. / Hizi, A. / Hughes, S.H. #7: ![]() タイトル: Crystals of a Ternary Complex of Human Immunodeficiency Virus Type 1 Reverse Transcriptase with a Monoclonal Antibody Fab Fragment and Double-Stranded DNA Diffract X-Rays to 3.5 Angstroms Resolution 著者: Jacobo-Molina, A. / Clark Junior, A.D. / Williams, R.L. / Nanni, R.G. / Clark, P. / Ferris, A.L. / Hughes, S.H. / Arnold, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 203.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 162 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 813.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 876.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 42.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64274.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 49911.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-TBO / |
構成要素の詳細 | THE DEFINITION OF SECONDARY STRUCTURAL ELEMENTS IS LARGELY BASED ON PROGRAM PROCHECK AND HYDROGEN- ...THE DEFINITION |
非ポリマーの詳細 | HET GROUP TIBO R 86183 IS TETRAHYDRO |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.38 % |
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結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 32514 / % possible obs: 81 % / Observed criterion σ(I): 1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3→10 Å / σ(I): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |