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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hn2 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE OBP COMPLEXED WITH AMINOANTHRACENE | ||||||
要素 | ODORANT-BINDING PROTEIN | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / olfaction / odorant binding protein / aminoanthracene | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 odorant binding / small molecule binding / sensory perception of smell / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Vincent, F. / Spinelli, S. / Tegoni, M. / Cambillau, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: The insect attractant 1-octen-3-ol is the natural ligand of bovine odorant-binding protein. 著者: Ramoni, R. / Vincent, F. / Grolli, S. / Conti, V. / Malosse, C. / Boyer, F.D. / Nagnan-Le Meillour, P. / Spinelli, S. / Cambillau, C. / Tegoni, M. | ||||||
履歴 |
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Remark 600 | heterogen The Native Bovine OBP has a natural ligand Octene-3-ol (PDB ID 1G85). In this experiment, ...heterogen The Native Bovine OBP has a natural ligand Octene-3-ol (PDB ID 1G85). In this experiment, the native Bovine OBP was soaked with 2mM Aminoanthracene, which removed all of the natural ligand in cavity A (giving all Aminoantracene atoms occupancy 1.0) but left 40% of the natural ligand in cavity B. The occupancy of aminoanthracene atoms in cavity B was 0.60 because of the presence of octene-3-ol, with the R and S enantiomers each having occupancies of 0.20. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hn2.cif.gz | 81.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hn2.ent.gz | 60.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hn2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1hn2_validation.pdf.gz | 469.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1hn2_full_validation.pdf.gz | 480.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1hn2_validation.xml.gz | 17.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1hn2_validation.cif.gz | 22.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/1hn2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/1hn2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18528.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07435 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-3OL / ( | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.72 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.7 詳細: dialysys against 38% ethanol in 25 mM sodium Citrate at 4 degrees, pH 5.7 | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 5.4 / 手法: microdialysis | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月28日 |
放射 | モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→17 Å / Num. obs: 26203 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / Rsym value: 5.2 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.89 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 85.4 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 18 Å / % possible obs: 92 % / Rmerge(I) obs: 0.052 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.84 Å / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1OBP 解像度: 1.8→9.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1113369.18 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 73.09 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→9.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 15530 / % reflection Rfree: 4.8 % / Rfactor obs: 0.21 / Rfactor Rfree: 0.237 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 34.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.325 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor Rwork: 0.289 |