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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hfq | ||||||
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タイトル | COMPARISON OF TERNARY CRYSTAL COMPLEXES OF HUMAN DIHYDROFOLATE REDUCTASE WITH NADPH AND A CLASSICAL ANTITUMOR FUROPYRIMDINE | ||||||
要素 | DIHYDROFOLATE REDUCTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / ONE-CARBON METABOLISM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of removal of superoxide radicals / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / sequence-specific mRNA binding / response to methotrexate / axon regeneration / folic acid binding / G1/S-Specific Transcription / dihydrofolate metabolic process ...regulation of removal of superoxide radicals / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / sequence-specific mRNA binding / response to methotrexate / axon regeneration / folic acid binding / G1/S-Specific Transcription / dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / NADPH binding / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / tetrahydrofolate biosynthetic process / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / one-carbon metabolic process / NADP binding / negative regulation of translation / mRNA binding / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Cody, V. / Galitsky, N. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Blakley, R.L. / Gangjee, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Anti-Cancer Drug Des. / 年: 1998 タイトル: Comparison of ternary crystal complexes of F31 variants of human dihydrofolate reductase with NADPH and a classical antitumor furopyrimidine. 著者: Cody, V. / Galitsky, N. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Blakley, R.L. / Gangjee, A. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1997 タイトル: Comparison of Ternary Complexes of Pneumocystis Carinii and Wild-Type Human Dihydrofolate Reductase with a Novel Classical Antitumor Furo[2,3-D]Pyrimidine Antifolate 著者: Cody, V. / Galitsky, N. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Gangjee, A. / Devraj, R. / Queener, S.F. / Blakley, R.L. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995 タイトル: Methotrexate-Resistant Variants of Human Dihydrofolate Reductase with Substitutions of Leucine 22. Kinetics, Crystallography, and Potential as Selectable Markers 著者: Lewis, W.S. / Cody, V. / Galitsky, N. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Chunduru, S.K. / Spencer, H.T. / Appleman, J.R. / Blakley, R.L. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994 タイトル: Methotrexate-Resistant Variants of Human Dihydrofolate Reductase. Effects of Phe31 Substitutions 著者: Chunduru, S.K. / Cody, V. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Appleman, J.R. / Blakley, R.L. #4: ジャーナル: Anti-Cancer Drug Des. / 年: 1992 タイトル: Crystal Structure Determination at 2.3 A of Recombinant Human Dihydrofolate Reductase Ternary Complex with Nadph and Methotrexate-Gamma-Tetrazole 著者: Cody, V. / Luft, J.R. / Ciszak, E. / Kalman, T.I. / Freisheim, J.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hfq.cif.gz | 57.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hfq.ent.gz | 39.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hfq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1hfq_validation.pdf.gz | 535.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1hfq_full_validation.pdf.gz | 573.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1hfq_validation.xml.gz | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1hfq_validation.cif.gz | 15.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/1hfq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/1hfq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21289.430 Da / 分子数: 1 / 変異: F31S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH NADPH AND FURO[2,3D]FUROPYRIMIDINE / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POTENTIAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM107, F31S MUTANT / 参照: UniProt: P00374, dihydrofolate reductase |
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#2: 化合物 | ChemComp-NDP / |
#3: 化合物 | ChemComp-MOT / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % |
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年5月10日 |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→8 Å / Num. obs: 13350 / % possible obs: 78 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.09 % / Rmerge(I) obs: 0.041 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.175 / 最高解像度: 2.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.1 Å
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拘束条件 |
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