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- PDB-1hfe: 1.6 A RESOLUTION STRUCTURE OF THE FE-ONLY HYDROGENASE FROM DESULF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hfe
タイトル1.6 A RESOLUTION STRUCTURE OF THE FE-ONLY HYDROGENASE FROM DESULFOVIBRIO DESULFURICANS
要素(PROTEIN (FE-ONLY HYDROGENASE (E.C.1.18.99.1) ...) x 2
キーワードHYDROGENASE / FE-ONLY HYDROGENASE / HYDROGENE METABOLISM / PERIPLASM
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin hydrogenase / ferredoxin hydrogenase activity / iron-sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Iron hydrogenase, small subunit / Rossmann fold - #1780 / Fe-only Hydrogenase (Larger Subunit); Chain L, domain 3 / Fe-only Hydrogenase (Larger Subunit); Chain L, domain 3 / Iron hydrogenase, small subunit HydB-type / Iron hydrogenase, small subunit superfamily / Iron hydrogenase, subset / 4Fe-4S dicluster domain / Iron hydrogenase, small subunit / : ...Iron hydrogenase, small subunit / Rossmann fold - #1780 / Fe-only Hydrogenase (Larger Subunit); Chain L, domain 3 / Fe-only Hydrogenase (Larger Subunit); Chain L, domain 3 / Iron hydrogenase, small subunit HydB-type / Iron hydrogenase, small subunit superfamily / Iron hydrogenase, subset / 4Fe-4S dicluster domain / Iron hydrogenase, small subunit / : / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase, large subunit, C-terminal / Iron hydrogenase / Iron only hydrogenase large subunit, C-terminal domain / G Protein Gi Gamma 2 / Alpha-Beta Plaits - #20 / 4Fe-4S binding domain / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / CYANIDE ION / CYSTEINE / : / 1,3-PROPANEDITHIOL / IRON/SULFUR CLUSTER / Periplasmic [Fe] hydrogenase large subunit / Periplasmic [Fe] hydrogenase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Nicolet, Y. / Piras, C. / Legrand, P. / Hatchikian, E.C. / Fontecilla-Camps, J.C.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: Desulfovibrio desulfuricans iron hydrogenase: the structure shows unusual coordination to an active site Fe binuclear center.
著者: Nicolet, Y. / Piras, C. / Legrand, P. / Hatchikian, C.E. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録1998年11月11日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月20日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.42023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S: PROTEIN (FE-ONLY HYDROGENASE (E.C.1.18.99.1) (SMALLER SUBUNIT))
L: PROTEIN (FE-ONLY HYDROGENASE (E.C.1.18.99.1) (LARGER SUBUNIT))
T: PROTEIN (FE-ONLY HYDROGENASE (E.C.1.18.99.1) (SMALLER SUBUNIT))
M: PROTEIN (FE-ONLY HYDROGENASE (E.C.1.18.99.1) (LARGER SUBUNIT))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,38927
ポリマ－119,3164
非ポリマー3,07423
水21,2401179
1
S: PROTEIN (FE-ONLY HYDROGENASE (E.C.1.18.99.1) (SMALLER SUBUNIT))
L: PROTEIN (FE-ONLY HYDROGENASE (E.C.1.18.99.1) (LARGER SUBUNIT))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,22714
ポリマ－59,6582
非ポリマー1,56912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9210 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area18060 Å2
手法PISA
2
T: PROTEIN (FE-ONLY HYDROGENASE (E.C.1.18.99.1) (SMALLER SUBUNIT))
M: PROTEIN (FE-ONLY HYDROGENASE (E.C.1.18.99.1) (LARGER SUBUNIT))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,16213
ポリマ－59,6582
非ポリマー1,50411
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9210 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area17990 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19570 Å2
ΔGint-332 kcal/mol
Surface area35000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.970, 123.070, 65.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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PROTEIN (FE-ONLY HYDROGENASE (E.C.1.18.99.1) ... , 2種, 4分子 STLM

#1: タンパク質 PROTEIN (FE-ONLY HYDROGENASE (E.C.1.18.99.1) (SMALLER SUBUNIT))


分子量: 13646.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: THE FE-ONLY HYDROGENASE FROM DESULFOVIBRIO DESULFURICANS HAS EXACTLY THE SAME SEQUENCE AS THE FE-ONLY HYDROGENASE FROM DESULFOVIBRIO VULGARIS (STRAIN HILDENBOROUGH)
由来: (天然) Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
細胞内の位置: PERIPLASM / 生物種: Desulfovibrio vulgaris / 株: Hildenborough / ATCC 29579 / NCIMB 8303 / 参照: UniProt: P07603, 1.18.99.1
#2: タンパク質 PROTEIN (FE-ONLY HYDROGENASE (E.C.1.18.99.1) (LARGER SUBUNIT))


分子量: 46011.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: THE FE-ONLY HYDROGENASE FROM DESULFOVIBRIO DESULFURICANS HAS EXACTLY THE SAME SEQUENCE AS THE FE-ONLY HYDROGENASE FROM DESULFOVIBRIO VULGARIS (STRAIN HILDENBOROUGH)
由来: (天然) Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
細胞内の位置: PERIPLASM / 生物種: Desulfovibrio vulgaris / 株: Hildenborough / ATCC 29579 / NCIMB 8303 / 参照: UniProt: P07598, 1.18.99.1

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非ポリマー , 8種, 1202分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物
ChemComp-CYN / CYANIDE ION


分子量: 26.017 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#6: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#7: 化合物 ChemComp-PDT / 1,3-PROPANEDITHIOL


分子量: 108.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8S2
#8: 化合物
ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE


分子量: 28.010 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#9: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化pH: 7.6 / 詳細: pH 7.60
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
2100 mMsodium acetate1reservoirpH5.0
350 mMTris1reservoirpH8.0
1PEG60001reservoiror ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.947375
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年5月1日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.947375 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→21 Å / Num. obs: 158363 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 14.27 Å2 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 1.51→1.6 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Rsym value: 0.452 / % possible all: 89.2
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.071
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89.2 % / Rmerge(I) obs: 0.452

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
X-PLOR3.8精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→7 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: THE 2 MOLECULES OF THE ASYMMETRIC UNIT WERE NEVER CONSTRAINT WITH THE NON CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY DURING REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.182 6295 5 %RANDOM
Rwork0.1582 ---
obs-124375 98.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.64 Å20 Å20 Å2
2--1.72 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7775 0 93 1211 9079
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.74
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.51
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.67 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2423 633 5 %
Rwork0.2275 12049 -
obs--98.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPH19X.PEP
X-RAY DIFFRACTION2PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.51

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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