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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1heg | ||||||
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タイトル | The crystal structures at 2.2 angstroms resolution of hydroxyethylene-based inhibitors bound to human immunodeficiency virus type 1 protease show that the inhibitors are present in two distinct orientations | ||||||
要素 | HIV-1 PROTEASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX / ACID PROTEINASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / aspartic-type endopeptidase activity / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Murthy, K. / Winborne, E.L. / Minnich, M.D. / Culp, J.S. / Debouck, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992 タイトル: The crystal structures at 2.2-A resolution of hydroxyethylene-based inhibitors bound to human immunodeficiency virus type 1 protease show that the inhibitors are present in two distinct orientations. 著者: Murthy, K.H. / Winborne, E.L. / Minnich, M.D. / Culp, J.S. / Debouck, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1heg.cif.gz | 35.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1heg.ent.gz | 22.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1heg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1heg_validation.pdf.gz | 456.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1heg_full_validation.pdf.gz | 472.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1heg_validation.xml.gz | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1heg_validation.cif.gz | 9.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/1heg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/1heg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUES PHE I 203, OHE I 203A, AND GLY I 204 REPRESENT PHE-PSI(CHOH-CH2)-GLY. THUS ATOMS C AND N OF PHE I 203 AND ATOM N OF GLY I 204 ARE NOT PRESENT AND ARE REPLACED BY THE ATOMS OF THE HET GROUP OHE. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10786.663 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366 |
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#2: 化合物 | ChemComp-PSI / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | THE SCISSILE BOND IN THE INHIBITOR PSI IS REPLACED BY A HYDROXYETHYLENE ISOSTERE (CHOH-CH2) THE ...THE SCISSILE BOND IN THE INHIBITOR PSI IS REPLACED BY A HYDROXYETH |
配列の詳細 | THIS VARIANT OF THE HIV 1 PROTEASE HAS ASN 36 AS CONFIRMED BY INSPECTION OF THE ELECTRON DENSITY. ...THIS VARIANT OF THE HIV 1 PROTEASE HAS ASN 36 AS CONFIRMED BY INSPECTION |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.96 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.2→5 Å / σ(I): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→5 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.186 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |