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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h0j | ||||||
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タイトル | Structural Basis of the Membrane-induced Cardiotoxin A3 Oligomerization | ||||||
![]() | CARDIOTOXIN-3 | ||||||
![]() | CARDIOTOXIN / SODIUM DODECYL SULFATE / VENOM / CYTOTOXIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() cytolysis / other organism cell membrane / toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Forouhar, F. / Huang, W.-N. / Liu, J.-H. / Chien, K.-Y. / Wu, W.-G. / Hsiao, C.-D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis of Membrane-Induced Cardiotoxin A3 Oligomerization 著者: Forouhar, F. / Huang, W.-N. / Liu, J.-H. / Chien, K.-Y. / Wu, W.-G. / Hsiao, C.-D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 55.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 42.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 510.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 515.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1tgxS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6758.330 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SODIUM DODECYL SULFATE / 由来: (天然) ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SDS / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | BELONGS TO THE SNAKE TOXIN FAMILY. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.6 詳細: 10 MG/ML PROTEIN MIXED WITH 0.1M SODIUM ACETATE (PH 4.6), 20% PEG 400, 3% GLYCEROL, AND 24 MM SDS. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 4.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年9月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 21036 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.47 % / Biso Wilson estimate: 18.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 28.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.266 / Mean I/σ(I) obs: 3.91 / % possible all: 96.3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 93866 / Rmerge(I) obs: 0.046 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.3 % / Rmerge(I) obs: 0.266 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1TGX 解像度: 1.9→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 595624.89 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 96.6429 Å2 / ksol: 0.389881 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.2775 / Rfactor Rwork: 0.2201 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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