[日本語] English
万見
- PDB-1hn2: CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE OBP COMPLEXED WITH AMINOANTHRACENE -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hn2
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE OBP COMPLEXED WITH AMINOANTHRACENE
要素ODORANT-BINDING PROTEIN
キーワードPROTEIN BINDING / olfaction / odorant binding protein / aminoanthracene
機能・相同性
機能・相同性情報


odorant binding / response to stimulus / small molecule binding / sensory perception of smell / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Lipocalin, OBP-like / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(3R)-oct-1-en-3-ol / ANTHRACEN-1-YLAMINE / Odorant-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Vincent, F. / Spinelli, S. / Tegoni, M. / Cambillau, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: The insect attractant 1-octen-3-ol is the natural ligand of bovine odorant-binding protein.
著者: Ramoni, R. / Vincent, F. / Grolli, S. / Conti, V. / Malosse, C. / Boyer, F.D. / Nagnan-Le Meillour, P. / Spinelli, S. / Cambillau, C. / Tegoni, M.
履歴
登録2000年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年3月5日Group: Non-polymer description
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600heterogen The Native Bovine OBP has a natural ligand Octene-3-ol (PDB ID 1G85). In this experiment, ...heterogen The Native Bovine OBP has a natural ligand Octene-3-ol (PDB ID 1G85). In this experiment, the native Bovine OBP was soaked with 2mM Aminoanthracene, which removed all of the natural ligand in cavity A (giving all Aminoantracene atoms occupancy 1.0) but left 40% of the natural ligand in cavity B. The occupancy of aminoanthracene atoms in cavity B was 0.60 because of the presence of octene-3-ol, with the R and S enantiomers each having occupancies of 0.20.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ODORANT-BINDING PROTEIN
B: ODORANT-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5715
ポリマ－37,0572
非ポリマー5153
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6180 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area16380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.589, 65.091, 42.249
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 ODORANT-BINDING PROTEIN / OBP


分子量: 18528.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07435
#2: 化合物 ChemComp-ANC / ANTHRACEN-1-YLAMINE / AMINOANTHRACENE / 1-アミノアントラセン


分子量: 193.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H11N
#3: 化合物 ChemComp-3OL / (3R)-oct-1-en-3-ol / (R)-1-オクテン-3-オ-ル


分子量: 128.212 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H16O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.72 %
結晶化pH: 5.7
詳細: dialysys against 38% ethanol in 25 mM sodium Citrate at 4 degrees, pH 5.7
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 5.4 / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein11
228-32 %ethanol12
350 mMcitrate12pH5.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月28日
放射モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→17 Å / Num. obs: 26203 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / Rsym value: 5.2 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.89 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 85.4
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 18 Å / % possible obs: 92 % / Rmerge(I) obs: 0.052
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.84 Å / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 1.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OBP

1obp


解像度: 1.8→9.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1113369.18 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 1231 4.8 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.202 25449 92.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 73.09 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.52 Å20 Å2-1.19 Å2
2---5.32 Å20 Å2
3---7.83 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→9.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2581 0 39 120 2740
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.541.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.462
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.052
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.192.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 200 4.9 %
Rwork0.289 3866 -
obs--88.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAramPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2LIG.PARamWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3LIG.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 15530 / % reflection Rfree: 4.8 % / Rfactor obs: 0.21 / Rfactor Rfree: 0.237
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 34.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.48
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.541.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.052
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.462
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.192.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.325 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor Rwork: 0.289

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る