+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gsl | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | LECTIN (FOURTH ISOLATED FROM (GRIFFONIA SIMPLICIFOLIA)) COMPLEX WITH Y HUMAN BLOOD GROUP DETERMINANT | ||||||||||||
要素 | GRIFFONIA SIMPLICIFOLIA LECTIN 4 | ||||||||||||
キーワード | LECTIN / GLYCOPROTEIN / MANGANESE | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Griffonia simplicifolia (マメ科) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Delbaere, L.T.J. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Structures of the lectin IV of Griffonia simplicifolia and its complex with the Lewis b human blood group determinant at 2.0 A resolution. 著者: Delbaere, L.T. / Vandonselaar, M. / Prasad, L. / Quail, J.W. / Wilson, K.S. / Dauter, Z. #1: ジャーナル: Can.J.Chem. / 年: 1985 タイトル: Molecular Recognition. II. The Binding of the Lewis B and Y Human Blood Group Determinants by the Lectin Iv of Griffonia Simplicifolia 著者: Spohr, U. / Hindsgaul, O. / Lemieux, R.U. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gsl.cif.gz | 62.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1gsl.ent.gz | 48.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gsl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1gsl_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1gsl_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1gsl_validation.xml.gz | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1gsl_validation.cif.gz | 19.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/1gsl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/1gsl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 26816.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffonia simplicifolia (マメ科) / 器官: SEEDS / 参照: UniProt: P24146 |
---|
-糖 , 2種, 2分子
#2: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]methyl 2- ...alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]methyl 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranoside |
---|---|
#3: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
-非ポリマー , 3種, 165分子
#4: 化合物 | ChemComp-MN / |
---|---|
#5: 化合物 | ChemComp-CA / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
構成要素の詳細 | PEPTIDE BOND VAL 221 - GLY 222 IS A CIS PEPTIDE BOND AND IS INVOLVED IN CARBOHYDRA |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Vandonselaar,M., (1987) J. Biol. Chem., 262, 10848. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
---|---|
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1992年12月2日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 16584 / % possible obs: 83.7 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.049 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2→40 Å / σ(F): 0 詳細: RESIDUES 1 AND 241 - 243 HAVE VERY HIGH TEMPERATURE FACTORS AND ARE NOT WELL DETERMINED.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.2423 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |