プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 3→40.49 Å / Num. obs: 16990 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 60.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル
解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
Num. obs: 16727 / Num. measured all: 98529
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.27
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
CNS
1
精密化
MOSFLM
データ削減
SCALA
データスケーリング
SHARP
位相決定
精密化
構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3→40.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 2733619.8 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: RESIDUES WITH DISORDERED SIDE-CHAINS WERE MODELED AS ALANINE
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.32
1647
9.8 %
RANDOM
Rwork
0.281
-
-
-
obs
0.281
16749
98.5 %
-
溶媒の処理
溶媒モデル: FLAT MODEL / ksol: 0.318286 e/Å3
原子変位パラメータ
Biso mean: 63.2 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
11.22 Å2
2.77 Å2
0 Å2
2-
-
11.22 Å2
0 Å2
3-
-
-
-22.44 Å2
Refine analyze
Free
Obs
Luzzati coordinate error
0.6 Å
0.48 Å
Luzzati d res low
-
5 Å
Luzzati sigma a
0.67 Å
0.52 Å
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 3→40.44 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
4348
0
36
0
4384
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION
c_bond_d
0.009
X-RAY DIFFRACTION
c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION
c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION
c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION
c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
c_angle_deg
1.4
X-RAY DIFFRACTION
c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION
c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION
c_dihedral_angle_d
24.6
X-RAY DIFFRACTION
c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION
c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
c_improper_angle_d
0.89
X-RAY DIFFRACTION
c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION
c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
c_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION
c_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION
c_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION
c_scangle_it
Refine LS restraints NCS
Rms dev position: 0.03 Å / Weight position: 300
LS精密化 シェル
解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6