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万見
- PDB-1fxd: REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF FERREDOXIN II FROM DESULFOVIBRIO GIG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fxd
タイトルREFINED CRYSTAL STRUCTURE OF FERREDOXIN II FROM DESULFOVIBRIO GIGAS AT 1.7 ANGSTROMS
要素FERREDOXIN II
キーワードELECTRON TRANSFER(IRON-SULFUR)
機能・相同性
機能・相同性情報


3 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
: / 3Fe-4S ferredoxin / 4Fe-4S single cluster domain of Ferredoxin I / Alpha-Beta Plaits - #20 / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / Ferredoxin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio gigas (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kissinger, C.R. / Sieker, L.C. / Adman, E.T. / Jensen, L.H.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Refined crystal structure of ferredoxin II from Desulfovibrio gigas at 1.7 A.
著者: Kissinger, C.R. / Sieker, L.C. / Adman, E.T. / Jensen, L.H.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1989
タイトル: The Crystal Structure of the Three-Iron Ferredoxin II from Desulfovibrio Gigas
著者: Kissinger, C.R. / Adman, E.T. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H. / Legall, J.
#2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1988
タイトル: Structure of the 3Fe-4S Cluster in Desulfovibrio Gigas Ferredoxin II
著者: Kissinger, C.R. / Adman, E.T. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1984
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Study of the 3-Fe Ferredoxin II from the Bacterium Desulfovibrio Gigas
著者: Sieker, L.C. / Adman, E.T. / Jensen, L.H. / Legall, J.
履歴
登録1991年4月8日処理サイト: BNL
改定 1.01993年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02025年3月26日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERREDOXIN II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6062
ポリマ－6,3101
非ポリマー2961
水1,00956
1
A: FERREDOXIN II
ヘテロ分子

A: FERREDOXIN II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2124
ポリマ－12,6202
非ポリマー5922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)40.870, 45.280, 26.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-113-

HOH

21A-119-

HOH

31A-122-

HOH

41A-125-

HOH

51A-136-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 FERREDOXIN II


分子量: 6310.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio gigas (バクテリア)
参照: UniProt: P00209
#2: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.44 %
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: Sieker, L.C., (1984) J. Mol. Biol., 179, 151.

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 2.3 Å / Num. obs: 6228 / Rmerge(I) obs: 0.09

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解析

ソフトウェア名称: PROFFT / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.157 / 最高解像度: 1.7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数432 0 7 56 495
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 4508
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0190.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0410.03
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0530.05
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1620.15
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.752
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it4.373
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.673
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it6.364

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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