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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fv9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human microurokinase in complex with 2-amino-5-hydroxy-benzimidazole | ||||||
要素 | UROKINASE | ||||||
キーワード | BLOOD CLOTTING / Plasminogen activation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of plasminogen activation / regulation of smooth muscle cell migration / regulation of signaling receptor activity ...u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of plasminogen activation / regulation of smooth muscle cell migration / regulation of signaling receptor activity / serine-type endopeptidase complex / Dissolution of Fibrin Clot / smooth muscle cell migration / plasminogen activation / regulation of cell adhesion mediated by integrin / tertiary granule membrane / negative regulation of fibrinolysis / regulation of cell adhesion / specific granule membrane / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / chemotaxis / blood coagulation / regulation of cell population proliferation / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / focal adhesion / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Nienaber, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2000 タイトル: Identification of novel inhibitors of urokinase via NMR-based screening. 著者: Hajduk, P.J. / Boyd, S. / Nettesheim, D. / Nienaber, V. / Severin, J. / Smith, R. / Davidson, D. / Rockway, T. / Fesik, S.W. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000 タイトル: Re-engineering of human urokinase provides a system for structure-based drug design at high resolution and reveals a novel structural subsite | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fv9.cif.gz | 57.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fv9.ent.gz | 45.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fv9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1fv9_validation.pdf.gz | 392.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1fv9_full_validation.pdf.gz | 412.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1fv9_validation.xml.gz | 9.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1fv9_validation.cif.gz | 13 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/1fv9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/1fv9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27590.430 Da / 分子数: 1 / 断片: B CHAIN (16-243) / 変異: C122A, N145Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P00749, u-plasminogen activator |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-172 / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.58 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.15M LiSo4, 20% PEG 4000, succinate buffer, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18-24 ℃ / pH: 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 160 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / % possible obs: 99 % / Rmerge(I) obs: 0.101 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3→10 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 11.3 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.35 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.27 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.18 Å / Total num. of bins used: 6 /
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR(ONLINE) / バージョン: 98 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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